Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 814.5 | 51.1% | 66.0% | 14 | 4 |
| Lysine-sensitive aspartokinase 3 | AK3_ECOLI | AK3_BACSU | 358.5 | 26.7% | 43.6% | 65 | 16 |
| Argininosuccinate lyase | ARLY_ECOLI | ARLY_BACSU | 1111.5 | 48.3% | 66.2% | 65 | 4 |
Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 823.5 | 53.8% | 69.6% | 3 | 2 | 97,8% | 95,1% |
| Lysine-sensitive aspartokinase 3 | AK3_ECOLI | AK3_BACSU | 360.5 | 27.3% | 44.4% | 57 | 17 | 98,66% | 98,24% |
| Argininosuccinate lyase | ARLY_ECOLI | ARLY_BACSU | 1115.5 | 49.3% | 67.4% | 5 | 2 | 98,91% | 97,83% |
Проведем глобальное и локальное выравнивание с белками ACCA_ECOLI и AK3_BACSU. Результаты представлены в таблице 3:
Таблица 3. Характеристики выравниваний негомологичных белков
| Alignment Type | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Global | ACCA_ECOLI | AK3_BACSU | 35.0 | 6.0% | 8.1% | 563 | 19 | 100% | 100% |
| Local | ACCA_ECOLI | AK3_BACSU | 47.5 | 29.8% | 40.5% | 37 | 10 | 28,21% | 25,33% |
Для множественного выравнивания была взята мнемоника ACCA. С данной мнемоникой нашлось 470 белков. Помимо ACCA_ECOLI (Escherichia coli (strain K12)) и ACCA_BACSU (Bacillus subtilis (strain 168)) были выбраны:
1) ACCA_YERPE (Yersinia pestis)
2) ACCA_DESHY (Desulfitobacterium hafniense (strain Y51))
3) ACCA_CAUVN (Caulobacter vibrioides (strain NA1000 / CB15N) (Caulobacter crescentus))
4) ACCA_OCEIH (Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / CIP 107618 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831))
5) ACCA_ALIF1 (Aliivibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114) (Vibrio fischeri))
Белки выравнены хорошо, т.к. все выбранные мной организмы - прокариоты. Я думаю, что белки гомологичны, т.к. участки 91-105, 124-147, 158-182, 201-238 очень похожи.
Cсылка на проект Jalview