Я выбрала структуру B-формы ДНК (PDB 1bna). Мне было задано азотистое основание гуанин. В сторону малой бороздки обращены атомы [DG]12:A.C2, [DG]12:A.N2, [DG]12:A.C3, [DG]12:A.C4. В сторону большой бороздки [DG]12:A.N1, [DG]12:A.C6, [DG]12:A.O6, [DG]12:A.N2, [DG]12:A.C5, [DG]12:A.N7, [DG]12:A.C8. [DG]12:A.N9 никуда не отношу, т.к.от него была проведена граница.
Рис 1. Гуанин. Красным отмечены атомы, смотрящие в большую бороздку. Синим - в малую. Черным - N-гликозидная связь.
Таблица 1. Параметры A, B и Z-форм ДНК.
| A‑форма | B‑форма | Z‑форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 29,8 | 31,5 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 14,52 ([DG]6:A.P – [DC]2:B.P) |
16,72 ([DA]5:A.P – [DG]16:B.P) |
7,20 ([DG]35:B.P – [DG]9:A.P) |
| Ширина малой бороздки | 16,69 ([DG]6:A.P – [DG]13:B.P) |
13,21 ([DA]5:A.P – [DG]24:B.P) |
14,52 ([DC]34:B.P – [DC]10:A.P) |
Моя структура тРНК: PDB 1n78. Координаты стеблей:
501-507 по одной цепи, 572-566 по другой цепи.
549-553 по одной цепи, 565-561 по другой цепи.
538-544 по одной цепи, 532-526 по другой цепи.
510-513 по одной цепи, 525-522 по другой цепи.
Неканонические пары оснований в структуре тРНК:
502_:G-*---U:.571
554_:U-**--A:.558
555_:U-**+-G:.518
538_:A-**--C:.532
544_:A-**--G:.526
513_:U-*---G:.522
508_:U-**--A:.546
514_:A-**--A:.521
515_:G-**+-C:.548
Дополнительные водородные связи в тРНК:
554_:U-**--A:.558
555_:U-**+-G:.518
508_:U-**--A:.546
514_:A-**--A:.521
515_:G-**+-C:.548
519_:G-----C:.556
Полученный файл