Сначала нужно было найти стебли с помощью программы einverted. Была запущена программа с предложенными коэффициентами (-gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3), но это не дало верных связей. При подборе параметров наибольшее количество реальных связей находит команда:
-gap 14 -threshold 12 -match 3 -mismatch -4
Хорошего результата программа не дала, выдала всего один участок:
Предсказание по алгоритму Зукера с помощью ViennaRNA.
Рис.1 Визуализация тРНК-структуры.
Таблица 1. Сравнение алгоритма Зукера и einvented с реальными данными.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 5' -1-7- 3' 5'-66-73-3' (Всего 7 позиций) |
5' -3-7- 3' 5'-66-69-3' (Предсказано 5 пар из 7) |
предсказано 7 пар из 7 |
| D-стебель | 5'-10-13-3' 5'-22-25-3' (Всего 4 позиции) |
предсказано 0 пар из 4 | предсказано 4 пары из 4 |
| T-стебель | 5'-48-52-3' 5'-60-64-3' (Всего 5 позиций) |
предсказано 0 пар из 5 | предсказано 5 пар из 5 |
| Антикодоновый стебель | 5'-38-44-3' 5'-26-32-3' (Всего 7 позиций) |
предсказано 0 пар из 7 | предсказано 5 пар из 7 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 пары | 5 | 21 |
Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1i3j.pdb
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 14 | 136 | 150 |
| остатками фосфорной кислоты | 22 | 27 | 49 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 22 | 22 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 7 | 12 | 19 |
Таким образом, мы видим, что в молекуле больше неполярных контактов.
Arg168, Asn175, Arg168, Ser176, Met194, Pro199 образуют с ДНК 2 связи. Нет ни одной аминокислоты, которая образовывала бы больше двух остатков. Я выбрала Ser176, т.к. он контактирует в двух местах с азотистыми основаниями, а не с сахаром и фосфатом. В качестве второй аминокислоты я выбрала Met194.
Рис.2 Ser176.
Рис.3 Met194.