Я выбрала геном утконоса (лат. Ornithorhynchus anatinus). Утконосовые вместе с ехидновыми образуют отряд однопроходных. Они относятся к млекопитающим, примечательны тем, что имеют признаки рептилий. Например, у утконосов есть мех, приспособленный к водному образу жизни; самки утконоса кормят грудью, но откладывают яйца; а самцы снабжены ядом, подобным яду рептилий. сочетание рептилий, млекопитающих и уникальных характеристик генома утконоса дает много подсказок к функционированию и эволюции всех геномов млекопитающих.[1]
Кариотип утконоса включает 52 хромосомы.
Поисковый запрос: Ornithorhynchus anatinus (platypus). По нему было найдено пять сборок. Уровень сборки - Chromosome. Это означает, что она содержит последовательность одной или более хромосом.
Сборка является референсной, то есть вручную отобранная сборка высшего качества сотрудниками NCBI.
Таблица 1. Информация о выбранной сборке
| Идентификатор GenBank | GCA_004115215.4 |
|---|---|
| Идентификатор RefSeq | GCF_004115215.2 |
| Общий размер генома | 1,859 Mb |
| Scaffold N50 | 83.3 Mb |
| Scaffold L50 | 7 |
| Contig N50 | 5.1 Mb |
| Contig L50 | 36 |
N50: Длина контига, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины.
L50: Число контигов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки.
[1] Wesley C. Warren, LaDeana W. Hillier, Jennifer A. Marshall Graves, Ewan Birney, Chris P. Ponting. Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution.