Практикум 1. Филогенетическое дерево

Задание 1.

Отобранные бактерии

Название Мнемоника
Acidothermus cellulolyticus ACIC1
Arthrobacter sp. ARTS2
Bifidobacterium longum BIFLO
Clavibacter michiganensis CLAMS
Corynebacterium diphtheriae CORDI
Mycolicibacterium vanbaalenii MYCVP
Streptomyces avermitilis STRAW

Скобочная формула дерева

(((STRAW, ACIC1),((ARTS2, CLAMS), BIFLO)), (MYCVP, CORDI))

Изображение дерева

Ветви дерева

Дерево содержит 4 нетривиальные ветви:

1){ARTS2,CLAMS} против {BIFLO,STRAW,ACIC1,MYCVP,CORDI}

2){ARTS2,CLAMS,BIFLO} против {STRAW,ACIC1,MYCVP,CORDI}

3){ARTS2,CLAMS,BIFLO,STRAW,ACIC1} против {MYCVP,CORDI}

4){ARTS2,CLAMS,BIFLO,MYCVP,CORDI} против {STRAW,ACIC1}

Таблица таксономических рангов.

Таблица 2. Таксономические ранги выбранных видов бактерий.

Таксономический ранг ACIC1 ARTS2 BIFLO CLAMS CORDI MYCVP STRAW
cellular organisms cellular organisms cellular organisms cellular organisms cellular organisms cellular organisms cellular organisms
Надцарство Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria
Клада Terrabacteria group Terrabacteria group Terrabacteria group Terrabacteria group Terrabacteria group Terrabacteria group Terrabacteria group
Филум Actinomycetota Actinomycetota Actinomycetota Actinomycetota Actinomycetota Actinomycetota Actinomycetota
Класс Actinomycetes Actinomycetes Actinomycetes Actinomycetes Actinomycetes Actinomycetes Actinomycetes
Порядок Acidothermales Micrococcales Bifidobacteriales Micrococcales Mycobacteriales Mycobacteriales Kitasatosporales
Семейство Acidothermaceae Micrococcaceae Bifidobacteriaceae Microbacteriaceae Corynebacteriaceae Mycobacteriaceae Streptomycetaceae
Род Acidothermus Arthrobacter Bifidobacterium Clavibacter Corynebacterium Mycolicibacterium Streptomyces
Вид Acidothermus cellulolyticus Arthrobacter sp. Bifidobacterium longum Clavibacter michiganensis Corynebacterium diphtheriae Mycolicibacterium vanbaalenii Streptomyces avermitilis

Ветви и отделяемые группы

{MYCVP,CORDI} против {ARTS2,CLAMS,BIFLO,STRAW,ACIC1} - разделяются по порядку Mycobacteriales.

{STRAW,ACIC1} против {ARTS2,CLAMS,BIFLO} - интересно, что STRAW и ACIC1 относятся к разным порядкам. Оказалось, что STRAW отделили в Kitasatosporales только в конце 2022 года, до этого она была в Streptosporangiales. При этом я нашла информацию, что Streptosporangiales на филогенетических деревьях обычно образуют сестринскую группу по отношению к Acidothermales.[1]

{ARTS2,CLAMS,BIFLO} против {STRAW,ACIC1,MYCVP,CORDI}

{ARTS2,CLAMS} против {BIFLO,STRAW,ACIC1,MYCVP,CORDI} - разделяются по порядку Micrococcales

Литература

1. Volpiano, C. G., Sant'Anna, F. H., da Mota, F. F., Sangal, V., Sutcliffe, I., Munusamy, M., Saravanan, V. S., See-Too, W. S., Passaglia, L. M. P., & Rosado, A. S. (2021). Proposal of Carbonactinosporaceae fam. nov. within the class Actinomycetia. Reclassification of Streptomyces thermoautotrophicus as Carbonactinospora thermoautotrophica gen. nov., comb. nov. Systematic and applied microbiology, 44(4), 126223. https://doi.org/10.1016/j.syapm.2021.126223