PSI-BLAST

Алгоритм PSI-BLAST предназначен для поиска гомологов белка по позиционно специфической матрице (PSSM). Запрос разбивается на несколько итераций, после каждой из которых можно убирать некоторые гмологи из списка. Когда в течении нескольких подряд итераций список гомологов остается неизменным, говорят, сто запрос сходится.
Произведем поиск гомологов по PSI-BLAST для белка Q3SXS7 (Q3SXS7_MOUSE), выбранного случайным образом через excel. Алгоритм применяется при стандартном значнии e-value=0,05. Результаты применения алгоритма приведены в таблице 1.

Таблица 1. Информации о поиске по PSI-BLAST гомологов Q3SXS7.

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	32	XP_003905673.1	6e-05	XP_004481317.1	0.010
2	38	XP_003048099.1	0.002	YP_004664848.1	0.008
3	68	XP_608246.4	2e-04	XP_002829829.1	4.6
4	69	XP_003221050.1	2e-06	XP_003443164.1	0.005
5	69	XP_003221050.1	1e-05	XP_003443164.1	0.007
6	69	XP_003905673.1	2e-10	XP_003443164.1	0.015
7	69	XP_003905673.1	2e-10	XP_003443164.1	0.017

Было удалено по одной последовательности во ыторой и четвертой итерации (худшие с e-value,0,05).
В результате запрос стабилизируется (сходится) после шести итераций. Теперь можно построить множественное выравнивание из найденных в седьмой итерации гомологов.


	Рисунок 1. Множественное выравнивание гомологов белка Q3SXS7.

Как видно, выравнивание получилось не лучшего качества. Почти нет блоков, много гэпов. Однако, по-моему, после удаления некоторых последовательностей и редакции выравнивние могло бы улучшиться.