Поисковая система SRS

Пара особенностей белка KAD_BACSU

Основные осбенности белка связаны с его функциями. Поскольку данный белок является АТФ-АМФ трансфосфорилазой, то в его структуре есть участки, связывающие АТФ

ID   KAD_BACSU_2;  parent: KAD_BACSU
FT   NP_BIND       7     15       ATP.
SQ   Sequence     9 AA;
     GLPGAGKGT
//

и связываюие АМФ

ID   KAD_BACSU_3;  parent: KAD_BACSU
FT   NP_BIND      31     59       AMP.
SQ   Sequence    29 AA;
     TGDMFRAAMK EETPLGLEAK SYIDKGELV
//

Также важными особенностями являются участки связывания иона цинка, так как он является характерным для бактериальных аденилат-киназ. В данном белке 4 иона цинка:

ID   KAD_BACSU_5;  parent: KAD_BACSU
FT   METAL       130    130       Zinc.
SQ   Sequence     1 AA;
     C
//
ID   KAD_BACSU_6;  parent: KAD_BACSU
FT   METAL       133    133       Zinc.
SQ   Sequence     1 AA;
     C
//
ID   KAD_BACSU_7;  parent: KAD_BACSU
FT   METAL       150    150       Zinc.
SQ   Sequence     1 AA;
     C
//
ID   KAD_BACSU_8;  parent: KAD_BACSU
FT   METAL       153    153       Zinc.
SQ   Sequence     1 AA;
     D
//

Все особенности вместе (включая альфа и бета структуры) представлены на рисунке:

Рисунок 1. Схематичное изображение особенностей белка KAD_BACSU. Коричневым цвет обозначает области связывания, синий - места связывания ионов металла, розовый - бета-тяжи, зеленый - альфа-спирали, сиреневый - бета-повороты.

Список структур PDB

1P3J 
2EU8 
2OO7 
2ORI 
2OSB 
2P3S 
2QAJ 
3DKV 
3DL0

Запросы

Посмотрим сколько белков, сходных по функции с данным, есть в таксономической группе Firmicutes, ниже приведена таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка KAD_BACSU из Bacillus subtilis.

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Adenylate kinase	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & (([swissprot-Description:Adenylate] & [swissprot-Description:kinase]) \| [swissprot-Description:Adenylate kinase]))	144
ATP-AMP transphosphorylase	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & (([swissprot-Description:ATP-AMP] & [swissprot-Description:transphosphorylase]) \| [swissprot-Description:ATP-AMP transphosphorylase]))	144
Superoxide-inducible protein	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & (([swissprot-Description:Superoxide-inducible] & [swissprot-Description:protein]) \| [swissprot-Description:Superoxide-inducible protein]))	9

Последовательности

Здесь содержатся полноформатные последовательности белков последнего запроса в формате fasta. А в этом файле содержатся идентификаторы, коды доступа, названия, вид организма и длина последовательности этих белков.

Страница "Taxonomy" банка Swissprot

На этой странице можно узнать, названия каких таксономических групп начинаются с "bacil". Вот эти группы:

  bacillaceae 
  bacillales 	
  bacillariaceae 
  bacillariales 
  bacillariophyceae
  bacillariophycidae 
  bacillariophyta 
  bacilli 
  bacillus

Количество записей в Swissprot о белках представителей рода bacillus: 23105
Количество записей в Swissprot о белках представителей отдела firmicutes: 68204

Записи в Swissprot об А. А. Нейфахе

По запросу

(([swissprot-Authors:Neyfakh*] >  parent ) &  ([swissprot-RefNumber#1:1] >  parent ))

нашлось 12 белков, автором первой публикации, о которых является А. А. Нейфах. В этой таблице приведены некоторые данные об этих белках и информация о публикациях о них. Нейфах, судя по всему, занимался исследованием Bscillus subtilis, особенно механизмам сопротивления лекарствам.