Uniprot

Сравнение белков

В первом семестре я работал с аденилат-киназой из Bacillus subtilis (KAD_BACSU). Теперь эта работа получит необольшое продолжение. У аденилат-киназы есть так называемые ортологи - такие же белки у других представителей рода Bacillus.
Эта страница посвящена сравнению данного мне белка и двух его ортологов из Bacillus Cereus и Bacillus Amyloliquefaciens. Для этого использовалась база данных Uniprot, в частности, команда entret, которая выводит полную инфорацию о белке. Эти данные были записаны в файлы, после чего в них производился поиск нужных параметров. Это делалось с помощью команды grep.
Данные приведены в таблице.

Пара комментариев

• Ортологи предсказаны по гомологии, и, видимо, предполагется, что они идентичны изначальному белку. Поэтому ответы на вопросы второй части таблицы едины для всех трех белков. Например, две команды

   seqret sw:kad_baca2 stdout -sbegin 31 -send 41    seqret sw:kad_bacsu stdout -sbegin 31 -send 41

  выдают одинаковую последовательность.
• На мой взгляд, вопрос по поводу метионина следует вынести отдельно, так как он более глобальный. Большинство белковых последовательностей начинается с метионина, потому что стартовый кодон AUG, запускающий трансляцию, кодирует именно метионин. В начальной позиции моего основного белка стоит метионин.

Предполагаемые ортологи в Swissprot и TrEMBL

Пара слов про оперон