Онлайн BLAST

megablast

Был проведен поиск по заданному 300-нуклеотидному фрагменту ДНК с помощью нуклотидного blast, а именно megablast. Оказалось, что это кодирующий участок генома бактерии Haloquadratum walsbyi, данные о нем приведены в таблице ниже.

Организм	AC в Refseq	Координаты в последовательности	Кодирующий	Кодируемый белок
Haloquadratum walsbyi	NC_008212.1.		да	ДНК-репликативный белок ORC1-типа (cdc6-подобный белок контроля деления)

Этот фрагмент кодирует белок, отвечающий за контроль клеточного деления и участвующий в репликации ДНК.

ENA

Чтобы получить список белков человека, идентификаторы которых в SwissProt начинаются с "M", была использована команда

infoseq sw:m*_human -only -name -desc -out file_name.txt

Для дальнейшей работы был выбран человеческий белок MVP (Major vault protein - главный белок сводов, связанный с легочной резистентностью к ифекции). Для получения его полной последовательности использовалась команда:

seqret sw:mvp_human -auto

Затем по этой последовательности был проведен поиск гомологов у африканского слона (Loxodonta africana). Гомолог был найден, информация о нем приведена в таблице.

e-value	Длина выравнивания	Identity	Координаты в геноме слона	Количество интронов в гене
1E-274	524	92%	11201968-11321512	2

Поиск некодирующих последовательностей

С помощью системы SRS был определен AC записи в EMBL, содержащей полную последовательность генома бактерии Janthinobacterium sp.. Затем была получена сама запись с помощью команды:

entret embl:amwd01000001 -auto

Затем из этой записи была выбрана последовательность, кодирующая одну тРНК (ее координаты: 39717..39792), она была вырезана из генома с помощью команды:

seqret amwd01000001.entret trna.txt -sask

По полученной последовательности был проведен поиск в порядке Burkholderiales, к которому относится данная бактерия. Это было сделано тремя способами:

Алгоритмом megablast
Алгоритмом blastn с параметрами по умолчанию
Алгоритмом blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1

Результаты поиска приведены в таблице.

Алгоритм	megablast	blastn (по умолчанию)	blastn (7, 1/-1)
Количество хитов с e-value<0,001	97	133	849

Подобные результаты говорят о том, что все работает, как надо. Megablast предназначен для поиска только очень похожих последовательносте, поэтому дает меньше хитов по сравнению с blastn, который более чувствителен. Естественно, чем чувствительнее параметры blastn, тем больше хитов он дает.