Геномные браузеры

UCSC

Был проведен поиск гена белка MVP в геномном браузере UCSC. Получены следующие данные:

Короткое название	MVP
Длинное название	Homo sapiens major vault protein
Закодирован в хромосоме	16
Закодирован в цепи	прямой
Плечо и полоса	P11.2 (короткое плечо)
Коордтинаты гена	29,843,000-29,860,076
Количество альтернативных продуктов	2

Ген MVP дает 2 продукта.

Продукт	1	2
Число экзонов	5	13

Для получения изображения были выбраны следующие треки с параметрами dense:

Гены USCS и RefSeq
Метилирование ДНК
Консервативность последовательности
Полиморфизмы

Рис.1. Изображение окрестности гена.

Ensembl

С помощью функции genomic alignment сайта EnsEMBL было получено выравнивание гена MVP человека и шимпанзе. Затем к выравниванию была применена команда distmat:

distmat genomic_alignment.txt

Эта программа оценивает эволюционное расстояние между видами через подсчет количества замен на 100 нуклеотидов. Полученный результат (показатель 1.16), естественно говорит о близком родстве.
Также через EnsEMBL была получена таблица полиморфизмов гена MVP.

Рис. 2. Таблица полиморфизмов гена mvp.

Видно большое разнообразие полиморфизмов.

NCBI Map Viewer

Тот же фрамент генома был рассмотрен через NCBI Map Viewer. Его интерфейс мне понравился меньше, чем интерфейс Ensembl: меньше информации, нельзя двигать карту, карта ориентирвоана вертикально (на Ensembl - горизонтально, и это выглядит логичнее).

Рис. 3. Окрестность гена MVP и расположение его в хромосоме, полученные через NCBI Map Viewer.