Классификация ферментов

Информация о ферменте

MCM3 - человеческий фермент, участвующий в репликации ДНК. Это ДНК хеликаза,имеющая гидролизную активность. Ee код в классификации ферментов EC=3.6.4.12.
Это означает, что фермент относится к следующим классам:

3 - гидролазы
3.6 - гидроазы, работающие с ангидиридами кислот
3.6.4 - гидролазы, работающие с АТФ

Реакция, катализируемая ферментом:

Ферменты человека с близкими функциями

Был проведен поиск по SwissProt человеческих белков относящихся к тому же кдассу, подклассу и даже имеющих тот же порядковы номер, что и MCM3_HUMAN. Результаты приведены в таблице ниже:

Запрос	Количество хитов
EC=3.6.4.12	120
EC=3.6.4.*	201
EC=3.6.*	430
EC=3.*	8988

Оказывается, даже белков с таким же порядковым номером много. Это, видимо, связано с тем, что данный фермент - хеликаза, состоящая из нескольких субъединиц.

Степень сохранения функций фермента у белков со сходными последовательностями

Был проведен поиск белков класса гидролаз среди белков мыши (Mus musculus) через Uniprot. Здесь приведен список AC и EC найденных белков и их последовательности в формате fasta.

Класс	Количество найденных белков
3	3500
3.6	585
3.6.4	246
3.6.4.12	70

Затем по полученным белкам был проведен поиск гомологов MCM3_HUMAN с помощью blastp.

makeblastdb -in mouse_hydrolases_seq.fasta -dbtype prot

blastp -query mcm3_human.fasta -db mouse_hydrolases_seq.fasta -out blastp.out -evalue 1

Таким образом было найдено 9 белков, данные о них приведены в таблице ниже:

AC	ID	e-value	EC
P25206	MCM3_MOUSE	0.0	3.6.4.12
P97310	MCM2_MOUSE	2e-95	3.6.4.12
P97311	MCM6_MOUSE	5e-92	3.6.4.12
Q61881	MCM7_MOUSE	7e-92	3.6.4.12
P49717	MCM4_MOUSE	1e-91	3.6.4.12
P49718	MCM5_MOUSE	5e-87	3.6.4.12
Q2KHI9	MCM9_MOUSE	5e-69	3.6.4.12
Q9CWV1	MCM8_MOUSE	6e-69	3.6.4.12
Q8VEJ9	VPS4A_MOUSE	0.046	3.6.4.6

Итак, все белки кроме одного имеют абсолютно такой же номер в классификации, что и исходный белок. При этом их e-value достаточно низкий и их можно считать достоверными гомологами исходного белка. Насколько я понимаю, это субъединицы одного большого хеликазного комплекса.
Последний белок совпадает с исходным с точностью до порядкого номера, e-value у него выше остальных и функция совершенно другая. Так что я не считал бы его достоверным гомологом.