Поиск гидрофобных кластеров

Для работы снова использовалась струткура 3DL0 (аденилаткиназа B. subtilis). Для поиска гидрофобных кластеров использовалась прогрмамма Clud с примнением разных параметров.
На рисунке 1 показаны кластеры, полученные при применении параметров по деволту (порог расстояния 5,4 ангстрем и минимальный размер кластера в 3 атома). Было получен 21 кластер размером от 3 до 30 атомов.

Рисунок 1. Кластеры, найденные Clud в структуре 3DL0 с параметрами по умолчанию. Слева - от 17 до 30 атомов, справа - от 3 до 14 атомов.

Мелкие кластеры явно не несут никакой информации, чтобы их убрать, были применены новые парметры: порог длины 4,7, минимальный размер кластера - 20.

Рисунок 2. Кластеры, найденные Clud в структуре 3DL0 с параметрами 4,7 и 20.

Хотя гидрофобное ядро основного домена разбивается при данном пороге на 2 кластера, оно легко отделяется от гидрофобного кластера второго домена ( на рисунке 2 - более мелкие голубой и лиловый кластеры). Более мелкий домен - по сути цинковые пальцы.

Затем программа Clud была применена, чтобы найти гидрофобные кластеры в той же структуре на стыке двух цепей, результат показан на рисунке .

Рисунок 3. Кластеры, найденные Clud в структуре 3DL0 на стыке цепей с параметрами 4,7 и 10.

В области контакта цепей А и В Clud нашел 3 гидрофобных кластера.