Изучение файла структурных факторов


С сайта PDB был получен файл структурных факторов для структуры 3DL0, которая рассматривалась ранее. Это файл, содержащий данные о рентгенструктрном эксперименте для кристалла данного белка. 
В начале файла приводятся данные о кристаллической ячейке (информация об образующих её векторах), затем общие сведения об эксперименте, в частности приведено количество структурных факторов:
_reflns.number_all  60795
_reflns.number_obs  59906
Первое число - полное число структурных факторов, второе - количество использованных. Также приводятся разрешение и длина падающей волны.
Затем идёт собственно список структурных факторов, для каждого указаны следующие параметры:

Параметр Пояснение
_refln.crystal_id id кристалла
_refln.wavelength_id id длины волны
_refln.scale_group_code
_refln.status Статус структурного фактора
_refln.index_h Индекс рефлекса h
_refln.index_k Индекс рефлекса k
_refln.index_l Индекс рефлекса l
_refln.F_meas_au Среднее значение измерений структурного фактора
_refln.F_meas_sigma_au Среднее квадратичное отклонение от среднего

Первые 2 параметра всегда имеют значение 1, потому что в эксперименте использовался только 1 кристалл и измерения велись при одной постоянной длине волны.
Статус (тип) структурного фактора может быть o, f или x.
Тип фактора Количество в списке Пояснение
o 56868 Использованные для построения модели
f 3038 Использованные для оптимизации модели
x 889 Неиспользованные (неподходящие значения)

Некоторые факторы вообще измерены не были, это видно из спсика, если пропущены тройки индесксов h,k,l. Примеры неизмеренных (отсутствующих в списке) структурных факторов, а точенее соотвествующих им значений h, k и l:
h k l
-22 8 1
-22 8 2
-22 0 14
-15 35 19
-3 34 40
1 9 50
2 19 47
12 16 47
14 38 11
-22 1 14

Можно заметить, что число l (при одних и тех же h и k) во многих случаях варьируется от 1 до, например, 50. А там, где не измерены факторы, например, при l больше 17 или 18, уже эти рефлексы имеют статус x, то есть неподходящее значение. То есть измерения дальше просто не проводили, потому что новые значения были бы тем более неподходящими.

Главная страница Первый семестр Второй семестр Третий семестр Обо мне Ссылки



© Марк Меерсон, 2015
Последнее обновление 27.10.2015