Ипользование сайта PDB

Получение последовательностей белков, структура которых была решена с помощью электронной микросокпии

На сайте PDB был проведен поиск (advanced search) белков, структура которых была получена с помощью электронной микроскопии. Для этого в advanced search был выставлен экспериментальный метод Electron microscopy. Нашлось 924 структуры. Все последоваетльности были скачаны в формате fasta в 1 файл.

Сравнение списка структурных гомологов PDBeFold и jFATCAT

Выдача jFATCAT
Выдача PDBeFold
Сравнивая списки найденных структурных гомологов, можно сказать следующее:

PDBeFold выдал больше хитов (161 против 78 хитов FATCAT)
FATCAT выдает больше эволюционно более далеких белков: в то время как на первых нескольких страницах выдачи PDBeFold все белки - аденилат киназы (а из первых 20и большинство - вообще мутантные формы одного и того же белка), FATCAT сразу выдает белки с похожими, но другими функциями, вроде гуанилаткиназ, шикиматкиназ etc.

Кроме того, стоит помнить, что FATCAT искал гомологов не для самого 3DL0, а для похожей структуры - 4JL5 (для цепи А). Однако, как видно из риснука 1, этот белок очень похож на 3DL0, так что результатам можно доверять.

Рисунок 1. Структурное выравнивание FATCAT структур 3DL0 и 4JL5.