Сравнение доменов SCOPe, ECOD, CATH и Pfam

Работа как обычно проводилась для структуры 3DL0. Поиск структурных доменов производился по 4 базам данных: pFam, ECOD, CATH и SCOPe. Результаты поиска приведены в таблице ниже.

База данных	pFam	ECOD	CATH	SCOPe
Число найденных доменов (на цепь)	2	2	1	0
ID и длина доменов	ADK - PF00406 (5-191) ADK_lid - PF05191 (127-162)	ADK (1-125, 161-216) ADK_lid (126-160)	3dl0A00

SCOPe вообще отказался выдавать какие-либо домены, pFam и ECOD нашли по 2 домена (каталитический домен ADK и цинк-связывающий домен ADK_lid), хоть разметили их чуть по-разному, CATH нашел 1 домен. На риснуке 2 поканы домены pFam и ECOD в структуре 3DL0.

Рисунок 1. Разметка доменов в структуре 3DL0 по pfam, (слева) и ECOD (справа). ADK_lid выделен оранжевым и желтым соотвественно.

Из рисунка видно, что ADK_lid домен ECOD сдвинут по сравнению с аналогичным доменом pfam. В этом свете домен ECOD выглядит менее правильным, потому что захватывает сотаток из альфа-спирали каталитиечского домена.

Рисунок 2. CATH классификация для структуры 3DL0.