Построение поверхности, раскраска участка поверхности: pymol
С сайта PDB была получена структура пуринового репрессора из E. coli с PDBid 1JFS.
В этой структуре записан мономер мономер белка, связанный с одной цепочкой ДНК. Чтобы восстановить димер была использована команда symexp.
Рисунок 1. Восстановленная димерная структура пуринового репрессора.
В полученной структуре сначала была виделена поверхность контакта белковых цепей между собой (рис. 2).
Рисунок 2. Поверхность Области контакта белковых цепей в димере пуринового репрессора. Слева поверхность контакта выделена красным внутри поверхности всего белка,
справа - поверхность контакта выделена из структуры.
Затем была визуализирована поверхность контакта белка с молекулой ДНК (рис. 3) и поверхность контакта ДНК сбелком (рис. 4).
Рисунок 3. Поверхность контакта белка с ДНК. Слева - внутри структры, справа - изолированная.
Рисунок 4. Поверхность контакта ДНК с белком. Слева - внутри структры, справа - изолированная.
Сессия PyMOL со всеми использованными множествами
Файл PDB, содержащий восстановленную структуру димера
Затем с помощью Clud были найдены гидрофобные кластеры на интрерфейсе мономеров (рис. 5). Минимальный размер кластера - 10 атомов.
Рисунок 5. Гидрофобные кластеры на интрефейсе мономеров.
© Марк Меерсон, 2015
Последнее обновление 22.12.2015
