In [1]:
##LYS_BPHC1 - фаговый лизоцим, для которого нет структуры
##смоделируем ее на сонове структуры лизоцима радужной форели (1LMP)
In [18]:
%%bash
less align_lyso.pir
##Для начала было построено выравнивание их полсдеовательностей с помощью программы MUSCLE на embl и сохранено в формате pir
In []:
##Затем файл выравнивания и 1lmp.pdb были отредактированы нужным для работы программы modeller образом (ссылки внизу страницы)
##Моделирование велось на основе трех фиксированных остатков активного центра, связывающих лиганд nag (в моделируемой последовательности
##Asn125, Asn45, Val138), предполагая, что они консервативны
In []:
%%bash
mod9v7 lys_bphc1.py &
##запуск самого скрипта для моделироание, скрпит выдал 5 моделей
In [1]:
from xmlrpclib import ServerProxy
from IPython.display import Image
import os, sys
In [2]:
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp' ]
import pymol
pymol.finish_launching()
from pymol import cmd
In [3]:
from IPython.display import Image
In [4]:
cmd.do('''
delete all
refresh
load seq.B99990001.pdb
load seq.B99990002.pdb
load seq.B99990003.pdb
load seq.B99990004.pdb
load seq.B99990005.pdb
show cartoon
hide lines
ray
png superposition_total.png
''')
##получили наложение всех смоедлированных структур, видно, что они все достаточно похожи
In [6]:
Image(filename='superposition_total.png')
Out[6]:
In [10]:
cmd.do('''
delete all
refresh
load 1lmp.pdb
load seq.B99990001.pdb
super 1lmp, seq.B99990001
show cartoon
hide lines
show organic, sticks
ray
png best_model_superposition.png
''')
##наложение лучшей, на мой взгляд, модели (зеленая) на структуру 1LMP (оранжевая), видна огромная ни чему не соотвествующая петля
##появление этой петли было вполне ожидаемо, ведь моделируемая последовательность заметно длинее, чем исходная
In [12]:
Image(filename='best_model_superposition.png')
Out[12]:
In [13]:
cmd.do('''
delete all
refresh
load 1lmp.pdb
load seq.B99990001.pdb
super 1lmp, seq.B99990001
show cartoon
hide lines
rotate x, 90
ray
png best_model_superposition.png
''')
##если повернуть изображение, хорошо видно, что большинство элементов вторичной структуры хорошо совпали
In [14]:
Image(filename='best_model_superposition.png')
Out[14]:
In []: