Практикум 1. Филогенетическое дерево.

В первом Практикуме мы строим филогенетическое древо восьми бактерий, руководствуясь древом, приведённым в тексте задания.
Выбранные мной белки отображены в Таблице 1.

Название	Мнемоника	Таксономия
Bradyrhizobium diazoefficiens	BRADU	Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Bradyrhizobiaceae; Bradyrhizobium
Rhizobium etli	RHIEC	Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Rhizobium
Burkholderia cenocepacia	BURCA	Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex
Neisseria meningitidis	NEIMA	Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Enterobacter sp. 638	ENT38	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Enterobacter
Salmonella typhimurium	SALTY	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica; Salmonella enterica subsp. enterica
Pasteurella multocida	PASMU	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella
Proteus mirabilis	PROMH	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Morganellaceae; Proteus

Далее в отчете приведены:

Скобочная формула дерева

(((PASMU, ((SALTY, ENT38), PROMH)), (BURCA, NEIMA)), (BRADU, RHIEC));

Изображение дерева, полученное с помощью программы Mega

Список нетривиальных ветвей

{BRADU, RHIEC} vs {PASMU, SALTY, ENT38, PROMH, BURCA, NEIMA}

{BRADU, RHIEC, BURCA, NEIMA} vs {PASMU, SALTY, ENT38, PROMH}

{BRADU, RHIEC, BURCA, NEIMA, PASMU} vs {PROMH, SALTY, ENT38}

{BRADU, RHIEC, BURCA, NEIMA, PASMU, PROMH} vs {SALTY, ENT38}



Построим также дерево по таксономическим данным NCBI. Ниже, на Рис.1, продемонстрированы данные NCBI, а на Рис.2 - построенное в MEGA по этим данным новое дерево (Таксоны высших порядков подписаны на нетривиальных ветвях). Легко заметить появление трифуркации у корня древа.

Рис.1 Изображение дерева, полученное с помощью сайта NCBI

Рис.2 Изображение дерева, полученное с помощью программы Mega

По Рис.2 можно определить скобочную формулу древа:
((BRADU, RHIEC), (PASMU, ((ENT38, SALTY), PROMH)), (BURCA, NEIMA));

Нетривиальная ветвь {BRADU, RHIEC} vs {PASMU, SALTY, ENT38, PROMH, BURCA, NEIMA} отделяет таксон Rhizobiales от остальных.
Нетривиальная ветвь {BRADU, RHIEC, BURCA, NEIMA} vs {PASMU, SALTY, ENT38, PROMH} отделяет таксон Gammaproteobacteria от остальных.
Нетривиальная ветвь {BRADU, RHIEC, BURCA, NEIMA, PASMU} vs {PROMH, SALTY, ENT38} отделяет таксон Enterobacterales от остальных.
Нетривиальная ветвь {BRADU, RHIEC, BURCA, NEIMA, PASMU, PROMH} vs {SALTY, ENT38} отделяет таксон Enterobacteriaceae от остальных.




На Главную страницу
На страницу Семестра