Практикум 3. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги.

В первом Практикуме мы строили филогенетическое древо восьми бактерий, руководствуясь древом, приведённым в тексте задания. Теперь же нам предстоит реконструировать филогенетическое древо. Для этого нам понадобится составленное в прошло практикуме древо и новое древо, построенное по последовательностям белка энолазы (CLPX_ECOLI).

Выбранные мной белки отображены в Таблице 1.

Название	Мнемоника	Таксономия
Bradyrhizobium diazoefficiens	BRADU
Rhizobium etli	RHIEC
Burkholderia cenocepacia	BURCA
Neisseria meningitidis	NEIMA
Enterobacter sp. 638	ENT38
Salmonella typhimurium	SALTY
Pasteurella multocida	PASMU
Proteus mirabilis	PROMH

Далее в отчете приведено уже представленное ранее в Практикуме 1 изображние дерева, полученного с помощью программы Mega (Рис.1):

Рис.1 Изображение дерева, полученное с помощью программы Mega

Потом с помощью программы blastp в геномах выбранных мной прокариот были найдены гомологи белка CLPX_ECOLI. (Сначала с помощью программы cat *fasta >> pr3.fasta я собрала необходимые мне белки в один файл, после чего программой makeblastdb -in pr3.fasta -dbtype prot из полученного файла была собрана база данных, в которой я программной blastp -evalue 0.001 -query CLPX_ECOLI.fasta -db pr3.fasta > out.fasta нашла гомологи белка).
Результат выполнения программы можно посмотреть здесь.

Список гомологичных белков и их функции:
CLPX_SALTY --- ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
CLPX_ENT38 --- ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
CLPX_PROMH --- ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
CLPX_BURCA --- ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
CLPX_PASMU --- ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
CLPX_RHIEC --- ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
CLPX_BRADU --- ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
CLPX_NEIMA --- ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
HSLU_PROMH --- ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
HSLU_RHIEC --- ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
HSLU_PASMU --- ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
HSLU_ENT38 --- ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
HSLU_BRADU --- ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
HSLU_SALTY --- ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
HSLU_BURCA --- ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
B4F2B3_PROMH --- ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
A4WEY9_ENT38 --- ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
FTSH_SALTY --- ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
RUVB_BRADU --- Holliday junction ATP-dependent DNA helicasa
Q2K4M2_RHIEC --- ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Q8KKT3_RHIEC --- Probable ATPase (ATP-binding) protein
A0A0H2XMS5_BURCA --- ATP-dependent zinc metalloprotea
H7C810_BRADU --- ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Q9CNJ2_PASMU --- ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
RUVB_NEIMA --- Holliday junction ATP-dependent DNA helicasa
YIFB_SALTY --- Uncharacterized protein YifB

C помощью программы MEGA я получила реконструированное филогенетическое древо, представленное на Рис.2.

Рис.2 Изображение дерева, полученное с помощью программы Mega

С первого взгляда видны две больших ортологичных группы белков: CLPX и HSLU. Белки обоих групп являются гомологами и являются результатом процесса видообразования. Можно также предположить, что белки CLPX и HSLU в каждом из организмов являются паралогами, произошедшими во время дупликации. Кроме того можно заметить отдельную группу, состоящую всего из двух белков, RUVB. Возможно, они также ортологичны друг к другу.



На Главную страницу
На страницу Семестра