BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии.



Поиск белка PYRF_ECOLI по фрагменту его аминокислотной последовательности.

Задача:найти свою последовательность по фрагмент,вырезанному из данного белка.

Были прдставлены следующие последовательности для исследования:
а)произвольный участок аминокислотной последовательности белка PYRF_ECOLI длиной 30 аминокислот:
>seq1 PVVVALDYHNRDDALAFVDKIDPRDCRLKV// б)тот же самый участок аминокислотной последовательности, в который внесены три произвольные аминокислотные замены:
>seq2 PVAVALDYHNRVDALAFVDKIVPRDCRLKV//
 в)произвольный участок аминокислотной последовательности белка PYRF_ECOLI длиной 10 аминокислот:
>seq3 MTLTASSSSR//
С помощью программы BLASTP был проведён поиск по банку данных Swiss-Prot сначала оследовательно для трех последовательностей.Для первой и второй первым в предоставляемом списке был белок PYRF_ECOLI.Определенные E-value и Score отличались в двух случаях (во втором значения E-value выше,а Score ниже).Данный результат ожидаем ,так как мы произвольным образом изменили последовательность.
Аналогичная процедура для третьей последовательности не дала положительного результата. и для третьей последовательностей и составлена таблица с результатами:
Порядковый номер белка E-value Score
file1.txt 1 2e-11 66
file2.txt 1 6e-09 58
file3.txt - - -

Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?

Задача:
С помощью программы BLAST провести поиск по банку данных Swiss-Prot для репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis. Будем считать ортологами RbsR те последовательности, в названии которых стоит слово RbsR.

Результат:
Нашлось только 6 ортологов этого белка. В предоставленном списке белки,принятые нами за ортологи, были перемешаны с неортологами.
Вывод
BLAST не является инструментом для поиска ортологов, т.к.
1)В данном случае BLAST вывел маленькое количество последовательностей(только 6);
2) большое эволюционное расстояние(белки-ортологи по данным принадлежат Эволюционно далеким таксонам);
4)нет порога, отделяющего ортологов от гомологов(ортологи распределены среди негомологов).

Главная страница