Выборка белков

Создание выборки белков

Создание выборки белков с одинаковыми функциями

Задача-создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что и оротидин 5'-фосфатдекарбоксилаза(PYRF_ECOLI).

Часть 1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, release 29.03.04

Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа	AC	P08244
Стандартное имя последовательности(идентификатор последовательности)	ID	PYRF_ECOLI
Название белка, отражающее его функции	DE	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
Дата создания документа	DT	01.08.1988 (Rel. 08, Последний опубликованный вариант последовательности)
Дата последнего исправления аннотации	DT	29.03.2004 (Rel. 43, Последняя опубликованная аннотация)
Название организма	OS	Escherichia coli(Кишечная палочка)
Полное название таксона	OC	Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;Enterobacteriaceae; Escherichia
Длина последовательности	SQ	245 аминокислот
Молекулярная масса белка	SQ	26350 Да
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	4
Название журнала с самой свежей публикацией	RL	Science 277:1453-1474(1997)
Описание вторичной структуры	FT	Описание вторичной структуры присутствует в виде таблицы,где указаны номера аминокислот, последовательность которых образует определенный тип вторичной структуры. Например:спираль 26-34
Что содержит поле комментариев	CC	Каталитическая активность, метаболический процесс,в котором принимает участие данный белок,строение субъединицы,принадлежность к определенному семейству белков.
Какие особенности последовательности указаны?	FT	Активный центр состоит из одной аминокислоты(73),которая возможно является донором протона
Идентификатор файла PDB	DR	PDB ; 1EIX; 24-04-00.PDB; 1JJK; 01-07-01.PDB; 1L2U; 16-10-02

Часть 2. Описание процедуры составления выборки
При поиске была использована поисковая система SRS, веб-сервер http://srs.ebi.ac.uk.Запрос составлялся таким образом,чтобы были найдены документы UniProt только из органезмов Escherichia coli, Salmonella typhi или Yersinia pestis,содержащие в поле DESCRIPTION полное название белка,отражающего его функцию (Orotidine 5'-phosphate decarboxylase), в поле SPECIES вписывались названия организмов, в геномах которых производился поиск (Escherichia coli, Salmonella typhi ,Yersinia pestis)-при составлении основной выборки, в поле TAXONOMY- название таксона (Bacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Archaea, Eukaryota)-при расширении выборки. Для поиска были использованы банки данных UniProt и SwissProt.
Были получены следующие результаты:

Строка запроса	Количество найденных документов
Query "(((([uniprot-AllText:Orotidine] & [uniprot-AllText:5'-phosphate]) & [uniprot-AllText:decarboxylase]) \| [uniprot-AllText:Orotidine 5'-phosphate decarboxylase]) & (([uniprot-AllText:Salmonella typhi] \| [uniprot-AllText:Yersinia pestis]) \| [uniprot-AllText:Escherichia coli*])) " found 6 entries	6
Query "(((([uniprot-Description:Orotidine] & [uniprot-Description:phosphate]) & [uniprot-Description:decarboxylase]) \| [uniprot-Description:Orotidine phosphate decarboxylase]) & [uniprot-Taxonomy:firmicutes*]) " found 28 entries	28
Query "(((([uniprot-Description:Orotidine] & [uniprot-Description:phosphate]) & [uniprot-Description:decarboxylase]) \| [uniprot-Description:Orotidine phosphate decarboxylase]) & [uniprot-Taxonomy:archae*]) " found 16 entries	16
Query "(((([uniprot-Description:Orotidine] & [uniprot-Description:phosphate]) & [uniprot-Description:decarboxylase]) \| [uniprot-Description:Orotidine phosphate decarboxylase]) & [uniprot-Taxonomy:eukaryota*]) " found 71 entries	71
Query "(((([uniprot-Description:Orotidine] & [uniprot-Description:phosphate]) & [uniprot-Description:decarboxylase]) \| [uniprot-Description:Orotidine phosphate decarboxylase]) & (([uniprot-Taxonomy:bacteria] ! [uniprot-Taxonomy:GAMMAPROTEOBACTERIA]) ! [uniprot-Taxonomy:firnicutes*])) " found 85 entries	85

Часть 3. Описание выборки
Критерии включаемости последовательности в выборку:
1)точное совпадение функций данного белка и искомого белка;
2)если выборка была слишком большой, то отбирались 3 произвольных организма из каждой группы.

PYRF_ECO57	P58640	ESCHERICHIA COLI O157:H7	BACTERIA PROTEOBACTERIA BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA
PYRF_ECOL6	Q8FHU2	ESCHERICHIA COLI O6	BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA
PYRF_ECOLI	P08244	ESCHERICHIA COLI	BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA
PYRF_SALTI	P58643	SALMONELLA TYPHI	BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA
PYRF_SALTY	P07691	SALMONELLA TYPHIMURIUM	BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA
PYRF_YERPE	P58644	YERSINIA PESTIS	BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE YERSINIA
PYRF_AERPE	Q9Y9D9	AEROPYRUM PERNIX	ARCHAEA CRENARCHAEOTA THERMOPROTEI DESULFUROCOCCALES DESULFUROCOCCACE AEAEROPYRUM
PYRF_ARCFU	O29333	ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS	ARCHAEAE URYARCHAEOTA ARCHAEOGLOBI ARCHAEOGLOBALES ARCHAEOGLOBACEAE ARCHAEOGLOBUS
PYRF_HALN1	Q9P9M3	HALOBACTERIUM SPSTRAIN NRC-1 / ATCC 700922 / JCM 11081HALOBACTERIUM SALINARIUM	ARCHAEAE URYARCHAEOTA HALOBACTERIA HALOBACTERIALES HALOBACTERIACEAE HALOBACTERIUM
PYR5_ARATH	Q42586 Q9M1I0	Q9M1I0	EUKARYOTA VIRIDIPLANTAE STREPTOPHYTA EMBRYOPHYTA TRACHEOPHYTA SPERMATOPHYTA MAGNOLIOPHYTA EUDICOTYLEDONS CORE EUDICOTS ROSIDS EUROSIDS II BRASSICALES BRASSICACEAE ARABIDOPSIS
PYR5_BOVIN	P31754	BOS TAURUSBOVINE	EUKARYOTA METAZOA CHORDATA CRANIATA VERTEBRATA EUTELEOSTOMI MAMMALIA EUTHERIA CETARTIODACTYLA RUMINANTIA PECORA BOVOIDEA BOVIDAE BOVINAE BOS
PYR5_DICDI	P09556	DICTYOSTELIUM DISCOIDEUMSLIME MOLD	EUKARYOTA MYCETOZOA DICTYOSTELIIDA DICTYOSTELIUM
PYR5_DICDI	Q8YSY4	ANABAENA SPSTRAIN PCC 7120	BACTERIA CYANOBACTERIA NOSTOCALES NOSTOCACEAE NOSTOC
PYR5_DICDI	P58638	AGROBACTERIUM TUMEFACIENSSTRAIN C58 / ATCC 33970	BACTERIA PROTEOBACTERIA ALPHAPROTEOBACTERIA RHIZOBIALES RHIZOBIACEAE RHIZOBIUM/AGROBACTERIUM GROUP AGROBACTERIUM
PYR5_DICDI	P58639	ANABAENA SPSTRAIN PCC 7120	BACTERIA CYANOBACTERIA NOSTOCALES NOSTOCACEAE NOSTOC

Главная страница