1-2. Описание семейства доменов
Был выбран домен из семейства секретинов с полным названием Cystine-knot domain. Характеристика представлена в таблице:
| AC pfam | ID pfam | #SEED | #All | #SW | #architectures | #3D | Taxonomy | #eukaryota | #archaea | #bacteria |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PF00007 | Cys_knot | 24 | 12000 | 139 | 85 | 30 | 12210 | 0 | 1 |
Цистиновый узел - это структурный мотив белка, стабилизирующий его структуру. Цистиновый узел примечателен тем, что содержит три дисудьфидных мостика, между двумя из них участок полипептида образует петлю, через которую проходит третья дисульфидная связь.
К данному семейству относятся гликопротеиновые гормоны, а также C-концевой домен различных внеклеточных белков.
К Eukaryota относятся все последовательности, кроме одной, относящейся к Bacteria.
3. Выравниванеи белковых доменов (seed)
Максимальный блок достоверного выравнивания, включающий участки всех последовательностей, находится в 72-88 колонках.
| Критерий | Информация |
|---|---|
| Выравнивание seed | 112 колонок; 24 последовательности |
| МДБ-all | колонки 72-88 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 72[C]; 85[AI]; 88[C] |
| МДБ-notAll | последователности 1-7; колонки 72-88 |