Практикум 1

Практикум 1. Визуализация молекул в JMol

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#	Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1	O(129LYS)-N(9ARG)	2.86	141,6
2	O(129LYS)-N(9ARG)	2.786	159,7
3	O(18LEU)-N(22GLN)	2,94	160,3
Бета-тяжи
1	O(98PHE)-N(87TRP)	3.07	138,3
2	N(100GLY)-O(85SER)	2,98	151,3
3	O(58SER)-N(69GLN)	2,92	156,8

Выводы:
Оценка длины водородных связей показала, что в среднем длина водородных связей примерно равна 2.93 ангстремам (по среднему арифметическому измерений). Всего в альфа-спирали нашлось 48 водородных связей, тогда как в бетта-слое - 25. Средняя величина угла составляет примерно 152 градуса. В целом можно отметить, что длина водородных связей колеблется довольно незначительно, что указывает на то, что это постоянная величина, которая может изменять своё значение в зависимотси от окружения. Это вполне согласуется с литературными данными: в источнике [1] утверждается, что средняя длина водородных связей O-H---O и N-H---O составляет примерно 2,6-2,8 А. Заметно большим колебаниям значний подвержены углы, что может быть связано с простанственными конфигурациями молекул, атомы которых находятся во взаимодействии.

Источники:
1. "The weak hydrogen bond", Monographs on crystalography, 9

Назад