Задания:
1.Определить таксономию и функцию прочтенной вами нуклеотидной последовательности (из практ. 6)
> Ссылка на fasta-последовтельность
2. Сравнить списки находок нуклеотидной последовательности 3-я разными алгоритмами blast
1. Megablast
2. BlastN
3. Discontiguous megablast
3. Проверить наличие гомологов трех белков в геноме одного организма.
Таблица:blast_3.xlsx
4.Поиск одного гена белка, закодированного в одном скэффолде "Amoeboaphelidium protococcarum" После перебора нескольких вариантов скэффолдов генома Amoeboaphelidium protococcarum, осмысленный результат удалось получить со скэффолдом scaffold-670 с длинной 50106. Поиск производился с помощью blastx, область поиска - таксон Animalia. На рисунке ниже видно, что находится очень консервативный участок с приблизительными границами от 19000 до 20000. Практически все находки - это один из факторов репликации (DNA replication licensing factor MCM7). Все находки имеют низкий E-value, однако процент идентичности для лучшей находки - 49%, что может говорить о том, что мы имеем дело с определенной субъединицей белка, консервативной для различных таксонов.
