Филогенетическое дерево


В этом практикуме мы работаем с филогенетическим деревом нескольких бактерий.
Для построения филогенетического дерева были выбраны 8 протеобактерий из различных филумов. Их названия и мнемоника приведены в таблице 1.
Название Мнемоника
Agrobacterium tumifaciens AGRRK
Rhizobium etli RHIEC
Ralstonia solanacearum RALSO
Burkholderia cenocepacia BURCA
Escherichia coli ECOLI
Yersinia pestis YERPE
Yersinia pseudotuberculosis YERPS
Haemophilus influenzae HAEIN

Таблица 1

Скобочная формула дерева в формате Newick
((((ECOLI, (YERPE, YERPS)), HAEIN), (BURCA, RALSO)), (RHIEC, AGRRK))
Филогенетическое дерево


Нетривиальные ветви

Ветвь называется нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента. Таким образом, на построенном дереве можно выделить следующие нетривиальные ветви:

1) {ECOLI, YERPE, YERPS} против {HAEIN, BURCA, RALSO, RHIEC, AGRRK} - Enterobacterales
2) {YERPE, YERPS} против {ECOLI, HAEIN, BURCA, RALSO, RHIEC, AGRRK} - Yersiniaceae
3) {ECOLI, YERPE, YERPS, HAEIN, RHIEC, AGRRK} против {BURCA, RALSO} - Gammaproteobacteria
4) {ECOLI, YERPE, YERPS, HAEIN, BURCA, RALSO} против {RHIEC, AGRRK} - Alphaproteobacteria
5) {ECOLI, YERPE, YERPS, HAEIN} против {BURCA, RALSO, RHIEC, AGRRK} - Betaproteobacteria


Продолжение (прктикум 2)

С помощью таксономического сервиса NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/) было определено тксономическое положение каждого вида бактерий из представленных на дереве.

1. Lineage (full): cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium; Agrobacterium tumefaciens complex
2. Lineage (full): cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Rhizobium
3. Lineage (full): cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Ralstonia
4. Lineage (full): cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex
5. Lineage (full): cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
6. Lineage (full): cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
7. Lineage (full): cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
8. Lineage (full): cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus

К тривиальным ветвям я приписала таксоны, которые они разделяют. Все рассматривамые бактерии относятся к домену Bacteria, а также к царству Proteobacteria. Дерево с ветвями, окрашенными в соответствии с принадлежностью к alpha-, beta- и gammaproteobacteria представлено на рисунке 2. Кроме того, узел 1 раздеяет ветви, принадлежащие к Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex, значит эти систематические характеристики являются общими для нетривиальной ветви 2 ({YERPE, YERPS} против {ECOLI, HAEIN, BURCA, RALSO, RHIEC, AGRRK}).


Рис. 2 Красные ветви - Alphaproteobacteria, зеленые ветви - Betaproteobacteria, синие ветви - Gammaproteobacteria.
Назад