Interleukin-6
На этой странице приведены результаты сравнительной характеристики молекул человеческого интерлейкина-6 и вирусного интерлейкина-6 (в двух формах последнего - стандартной и гомологичной ей, обе кодируются геном K2
Для начала рассмотрим саму молекулу интерлейкина-6 у человека (3d-структур для вирусного интерлейкина нет в используемой базе данных
Ниже так же будет приведен скрипт для изменения отображения структуры по нескольким параметрам
PDB ID 1ALU
Теперь рассмотрим выравнивание последовательностей 2х гомологичных друг-другу интерлейкинов-6:
Ниже приведен подсчет веса данного выравнивания.
Из выравнивания мы видим, что эти две последовательности различаются всего одной аминокислотой, что дает нам возможность принебрегать второй (гомологичной) последовательностью в дальнейшем (для "чистоты эксперимента" этого делать мы не будем).
Download Viral interleukin-6 seq in FASTA-format
Download Viral interleukin-6 homolog seq in FASTA-format
Download Human interleukin-6 seq in FASTA-format
Итак, мы подходим к сравнению вирусного и человеческого интерлейкинов-6. Выравнивание этих последовательностей проводилось в BLAST путем локального выравниванияпоследовательностей друг относительно друга. Ниже приведено непосредственное сравнение последовательностей:
Внимание! На обоих изображениях сверху изображено выравнивание по самому вирусному интерлейкину, а снизу - по его гомологу!
И, как и в прошлый раз, приводим значения весов выравниваний:
© Григорьева Маша