Введение

Выбранный нами объект является кристаллической структурой ацетилхолин-связывающего белка (ACHBP) из APLYSIA CALIFORNICA в комплексе с АЛЬФА-конотоксином IMI. Это природный рецептор-токсин.

ID нашего объекта в системе PDB- 2C9T

общий структурный вес частицы - 257740,28 (молекулярная масса всех атомов кроме воды; на основе полностью осажденной последовательности)

Заднежаберные моллюски Aplysia californica (род Аплизии), которых также называют морскими зайцами. Этих моллюсков считают прекрасными модельными организмами для изучения нервной системы, так как нейроны в диаметре могут достигать 1 мм, что делает их видимыми невооруженным глазом. Длина тела у некоторых особей достигает 75 см, высота - 20 см, а вес - 7 кг. Сейчас на них проводят исследования о работе памяти

Conus imperialis - один из видов ядовитых морских улиток с раковиной, у взрослых особей достигающей от 4 до 11 см.

В данном белковом комплексе присутствует только один вид лигандов-вода. Всего в PDB-файле 1514 молекул воды.В молекуле присутствуют связи между водой и атомами белка. Основные контакты расположены по краям отверстия бочки ACHBP.Связи с лигандом отражены в скрипте. Ниже мы покажем характеристики 6 из них.

HETATM18210 O HOH H2070 -18.146 -12.778 45.881 1.00 47.50 O

HETATM18211 O HOH H2071 -12.733 -9.364 44.072 1.00 29.19 O

HETATM18212 O HOH H2072 -12.638 -6.737 49.897 1.00 38.16 O

HETATM18213 O HOH H2073 -9.955 -5.397 47.166 1.00 38.96 O

HETATM18214 O HOH H2074 -2.672 -6.764 49.597 1.00 38.83 O

HETATM18215 O HOH H2075 -6.254 -7.308 45.192 1.00 38.67 O

НЕсмотря на большое число молекул, в файле нет ни одной водородной связи между лигандом и белком. Вода равномерно распределена по всей поверхности молекулы. Стоит отметить, что отверстие бочки не полностью перекрыто молекулами воды, поэтому малые гидрофильные молекулы вполне в состоянии проникнуть внутрь комплекса (в самом узком месте диаметр отверстия- 750 нм).

При взгляде на положение альфа-спиралей и бета-листов, можем заметить, что они тоже образуют пятиугольникоподобные структуры, придающие комплексу дополнительную устойчивость. Если на соответствующие места в плоскости треугольника встанут альфа-спирали, то комплекс приобретёт форму прямой пятиугольной призмы с дополнительными внутренними пятиугольными колоннообразными структурами и максимальную геометрическую устойчивость.

ACHBP представляет из себя бочкообразную конструкцию, равные субъединицы которой распологаются в два круга по пять. Каждая субъединица соединена с двумя соседями по кругу и с одной цепью из другого круга. Солевые связи играют ключевую роль в объединении 10 субъединиц ACHBP в единый комплекс. Кроме того, оба отверстия, ведущих внутрь комплекса, образованы по краям заряженными аминокислотами (Soil bridges in ACHBP complex). Это, видимо, препятствует проникновению внутрь ACHBP гидрофобных молекул.