BLAST. ANS42615.1

Поиск гомологов белка ANS42615.1 и характеристики их выравниваний.

1. Характеристики списка находок

Всего находок 35

Количество находок с E-value менее одной тысячной 33

Максимальное E-value находки 0,12

Список лимитирован E-value: пока в "Algorithm parameters" указана "Max target sequences" = 100, выборка составляет 35 находок,

как только "Max target sequences" ставим =10, находок становится 10, что означает, что теперь лимит выставлен по параметру "Max target sequences"

2. Изменение длины слова в параметрах алгоритма с 6 на 2

Всего находок 52

Количество находок с E-value менее одной тысячной 47

Максимальное E-value находок 8.2

3. Изменение объёма поиска

Выбранная находка: Q9L5W9 (MTSA_STROR); Organism - Streptococcus oralis

Genus: Streptococcus; Family: Streptococcaceae; Order: Lactobacillales

Class: Bacilli; Phylum: Firmicutes; Domain: Bacteria

Ограничим поиск по Family: Streptococcaceae(id:1300)

Всего находок 27

Количество находок с E-value менее одной тысячной 19

Текущий E-value находки Q9L5W9 =4*10^(-71), до изменения объема поиска был =2*10^(-69),

при этом вес выравнивания (и обычный и в битах) не изменился.

Вывод: с уменьшением банка значение E-value уменьшилось, тогда как вес (будучи характеристикой отдельного выравнивания) не изменился.

Из всех находок, сделанных до ограничения на таксон (52), оказалось 27 белков, выделенных из родственных организмов.