JalView

1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name ID1 ID2 Score % Identity % Similarity Gaps (%) Indels
1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB GLGB_ECOLI GLGB_BACSU 1367.0 35.9 51.1 19.3 101
10 kDa chaperonin CH10_ECOLI CH10_BACSU 197.0 44.3 63.9 3.1 3
30S ribosomal protein S10 RS10_ECOLI RS10_BACSU 346.0 63.1 81.6 1.0 1

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name ID1 ID2 Score % Identity % Similarity Gaps (%) Indels Coverage 1Coverage 2
1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB GLGB_ECOLI GLGB_BACSU 1377.5 43.2 61.2 3.6 8 83.5% 95.7%
10 kDa chaperonin CH10_ECOLI CH10_BACSU 201.0 46.2 66.7 1.1 1 94.8% 96.8%
30S ribosomal protein S10 RS10_ECOLI RS10_BACSU 346.0 63.7 82.4 0 0 99% 100%

3. Глобальное парное выравнивание негомологичных белков

ID1 ID2 Score % Identity % Similarity Gaps (%) Indels
RS10_ECOLI GLGB_BACSU 10.5 1.0 2.0 94.7 524

4. Локальное глобальное выравнивание негомологичных белков

ID1 ID2 Score % Identity % Similarity Gaps (%) Indels Coverage 1Coverage 2
CH10_ECOLI RS10_BACSU 25.0 40.0 53.3 0.0 0 14.4% 13.7%

5. Сохранение выравнивания в fasta-формате и импорт в Jalview

JVP-format

MFA-format

6.Множественное выравнивание белков

JVP-format

MFA-format

Описание: Всего с мнемоникой функции GLGB_ встретилось 263 идентификатора.

При множественном выравнивании белков GLGB_BACSU, GLGB_ECOLI, GLGB_DICCH, GLGB_MYCS2, GLGB_MYCTU, GLGB_MYCTO, GLGB_SYNE7 было обнаружено,

что они достаточно хорошо выравнены, имеются несколько участков, состоящих из интелей, длинной не превышающих 10 символов

(не считая различия в длине молекул, так граница в 10 символов сильно нарушается).

Самым отличающимся из всех является GLGB_BACSU из за его длины: очень короткий по сравнению с остальными.

GLGB_SYNE7 имеет наибольшую длину (визуально), заполняет несколько "пустых" участков остальных молекул.

Лучше всего совпадают белки GLGB_MYCS2, GLGB_MYCTU, GLGB_MYCTO (практически идентичны).

Их названия, в добавление к всему вышесказанному, укрепляют мою веру в правильность предположения о том, что данные белки гомологичны.

© Grigoreva Masha