GATC
1. 3DNA
Download gatc-a.pdb
Download gatc-b.pdb
Download ggcc-z.pdb
about 3DNA
2. Table A-B-Z
Для выполнения этого задания была выбрана B-форма, полученная в задании 1
На рисунке представлена структура тимина с покрашенными красным атомами, смотрящими в сторону большой бороздки и покращенными в синий атомами, смотрящими в сторону малой бороздки. Ниже представлен список атомов по номерам:
В сторону большой бороздки обращены атомы:
[DT]31:B. C4 #633, O4 #634, C5 #635, C6 #637, C7 #636
В сторону малой бороздки обращены атомы:
[DT]31:B. N1 #629, C2 #630, O2 #651, N3 #632
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правозакрученная | правозакрученная | левозакрученная |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43,50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 7,98 | 17,21 | 15,17 |
| Атомы большой бороздки | [DC]20:A.P #392 - [DT]23:B.P #454 | DG]1:A.P #1 - [DG]37:B.P #739 | [DG]1:A.P #1 - [DC]40:B.P #802 |
| Ширина малой бороздки | 7,9816, 81 | 11,69 | 9,87 |
| Атомы малой бороздки | [DC]24:B.P #474 - [DT]11:A.P #208 | [DT]35:B.P #700 -[DA]10:A.P #187 | [DG]35:B.P #698 - [DC]10:A.P #187 |
3. тРНК 1h3e
На следующей таблице приведены значения торсионных углов в заданной структуре тРНК; задачей было определить, на какую из форм ДНК больше всего похожи тяжи этой структуры. Согласно посчитанным средним значениям разницы, тяжи данной тРНК больше похожи на А-форму ДНК.
| Strand 1 | |||||||
| alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | |
| тРНК | -15,9969 | 9,064 | 63,3 | 89,7529 | -140,2545 | -56,8545 | -134,3558 |
| А-форма ДНК | -51,7 | 174,8 | 41,7 | 79,1 | -147,8 | -75,1 | -157,2 |
| Разница с тРНК | 35,7031 | 165,736 | 21,6 | 10,6529 | 7,5455 | 18,2455 | 22,8442 |
| Среднее значение разницы | 40,33245714 | ||||||
| B-форма ДНК | -29,9 | 136,3 | 31,2 | 143,3 | -140,8 | -160,5 | -98,0 |
| Разница с тРНК | 13,9031 | 127,236 | 32,1 | 53,5471 | 0,5455 | 103,6455 | 36,3558 |
| Среднее значение разницы | 52,47614286 | ||||||
| Z-форма ДНК | -43,75 | 21,1 | -61,45 | 116,25 | -100,2368 | 4,6895 | -47,8 |
| Разница с тРНК | 27,7531 | 12,936 | 124,75 | 26,4971 | 40,0177 | 52,165 | 86,5558 |
| Среднее значение разницы | 52,95352857 | ||||||
| Strand 2 | |||||||
| alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | |
| тРНК | -47,2406 | 39,2147 | 64,0823 | 89,7352 | -150,3323 | -55,9823 | -126,1294 |
| А-форма ДНК | -51,7 | 174,8 | 41,7 | 79,1 | -147,8 | -75,1 | -157,2 |
| Разница с тРНК | 4,4594 | 135,5853 | 22,3823 | 10,6352 | 2,5323 | 19,1177 | 31,0706 |
| Среднее значение разницы | 32,25468571 | ||||||
| B-форма ДНК | -29,9 | 136,3 | 31,2 | 143,3 | -140,8 | -160,5 | -98,0 |
| Разница с тРНК | 17,3406 | 97,0853 | 32,8823 | 53,5648 | 9,5323 | 104,5177 | 28,1294 |
| Среднее значение разницы | 49,00748571 | ||||||
| Z-форма ДНК | -43,75 | 21,1 | -61,45 | 116,25 | -100,2368 | 4,6895 | -47,8 |
| Разница с тРНК | 3,4906 | 18,1147 | 125,5323 | 26,5148 | 50,0955 | 60,6718 | 78,3294 |
| Среднее значение разницы | 51,8213 | ||||||
В данной структуре тРНК (PDB ID: 1H3E) было обнаружено 4 стебля:
1 - 7 нуклеотиды (Strand I) / 66-72 нуклеотиды (Strand II)
49 - 53 нуклеотиды (Strand I) / 61 - 65 нуклеотиды (Strand II)
39 - 43 нуклеотиды (Strand I) / 27 - 31 нуклеотиды (Strand II)
10 - 12 нуклеотиды (Strand I) / 23 - 25 нуклеотиды (Strand II)
В данной структуре тРНК (PDB ID: 1H3E) было обнаружено 10 неканонических пар:
B:..54_:[5MU]t-**--a[1MA]:..58_:B
B:..55_:[PSU]P-**+-G[..G]:..18_:B
B:..37_:[..A]A-**--C[..C]:..32_:B
B:..44_:[..U]U-*---G[..G]:..26_:B
B:..13_:[..G]G-**--A[..A]:..22_:B
B:..14_:[..A]A-**--A[..A]:..21_:B
B:..47A:[..G]G-**--U[..U]:..47B:B
Еще были найдены пары, подходящие под систему AT GC, которые так же можно назвать неканоническими (звездочки в схеме на это указывают)
B:..36_:[..A]A-**--U[..U]:..33_:B
B:..20B:[..A]A-**--U[..U]:..47H:B
B:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:B
дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру
B:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:B
© Grigorjeva Masha