Банки нуклеотидных последовательностей
1. Охарактеризуйте качество сборки генома эукариотического организма
Taxonomy ID: 345164
Scientific name: Falco cherrug (Gray, JE, 1834)
homotypic synonym: Saker falcon
Inherited blast name: birds
Rank: species
Балобан - вид хищных птиц семейства соколиных. Редкий гнездящийся, кочующий, в некоторые годы частично оседлый вид.
число сборок генома 1 (GCA_000337975.1)
общая длина сборки: 1,174,811,7157
число контигов сборки: 75,898
число скэффолдов сборки: 5,863
Scaffold N50: 4,154,532
Scaffold L50: 84
Contig N50: 31,327
Contig L50: 10,949
число аннотированных белков: 22,273
ссылку на последовательность контига KB397228.1 в RefSeq
Полезные ссылки: assembly bioproject genome taxonomy
2. Опишите семь Ключей (Feature Keys) таблиц особенностей (FT или Feature table)
информация была найдена по ссылке
примеры взяты из data-файла пятого задания или с сайта по ссылке на предыдущей строке + поисковик google
| Feature Key | Описание | Пример |
| assembly_gap | Границы разрыва между участками генома или транскриптома | assembly_gap 1989..2140 /estimated_length=152 /gap_type="within scaffold" /linkage_evidence="paired-ends" |
| CDS | Кодирующая последовательность белка, те ей соответсвует последовательность аминокислот в белке | CDS 1..1575 /codon_start=1 /transl_table=5 /gene="COX1" /product="cytochrome c oxidase subunit I" /protein_id="APU89575.1" /translation="MNIYKKYQGGLSVWLESSNHKDIGTLYFLFGLWSGMIGTSLSLII RLELAKPGILLGNGQLYNTIITAHAILMIFFMVMPSMIGGFGNWMLPLMLGAPDMSFPR LNNLSFWLLPTAMFLILDSCFVDMGCGTSWTVYPPLSTLGHPGSSVDLAIFSLHCAGLS SILGGINFMCTTKNLRSSSISLEHMSLFVWTVFVTVFLLVLSLPVLAGAITMLLTDRNL NTSFFDPSTGGNPLIYQHLFWFFGHPEVYILILPAFGIISQSTLYLTGKKEVFGSLGMV YAILSIGLIGCVVWAHHMYTVGMDLDSRAYFTAATMVIAVPTGVKVFSWLATLFGMKMK FQPLLLWVLGFIFLFTIGGLTGVVLSNSSLDIILHDTYYVVSHFHYVLSLGAVFGIFTG VSLWWSFMTGFVYDKLMMSAVFFLMFVGVNLTFFPLHFAGLHGFPRKYMDYPDVYSVWN VMSSYGSMISVFAMFLFMYVLIESFFSYRLVLVDNFTNSSPEYSYSSYVFGHSYQSDIY FSSTVMK" |
| source | Идентифицирует "источник последовательности", ее указанного диапазона | source 1..13355 /organism="Nippostrongylus brasiliensis" /organelle="mitochondrion" /host="Rattus norvegicus" /mol_type="genomic DNA" /country="New Zealand" /db_xref="taxon:27835" |
| centromere | Область, идентифицированная как центромера (промежуток ДНК, который соотвествует области, где хроматиды соединяются друг с другом и где формируется кинотохор | centromere 114385..114394 /note="CEN3_CDEI of CEN3" |
| tRNA rRNA |
Область, идентифицированная как тРНК в первых 4х примерах, как рРНК в последнем примере | tRNA 1589..1638 /product="tRNA-Cys" tRNA 1649..1705 /product="tRNA-Met" tRNA 1706..1760 /product="tRNA-Asp" tRNA 1764..1819 /product="tRNA-Gly" rRNA 2571..3522 /product="large subunit ribosomal RNA" |
| misc_feature | Новая, редкая или специфичная черта последовательности | misc_feature 5498..5578 /note="AT rich region" |
| exon intron operon |
Область, идентифицированная как экзон, интрон или оперон соответственно | exon 141797..142149 /gene="LOC100288016" /note="Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Curated Genomic." /pseudo intron 568..788 /gene="ubc42" /number=1 operon 160..6865 /operon="gal" |
3. Опишите состояние дел в одном из массовых геномных проектов
| название проекта | цель | год начала | ссылка на страницу | организация | страна | планируемое число геномов | год завершения | сколько геномов секвенировано на настоящее время | последняя публикация по проекту |
| 100 000 геномов людей | выявление общих генетических черт, лежащих в основе ряда серьезных заболеваний, например некоторых форм рака или наследственных заболеваний, в том числе и редких | 2012 | The 100,000 Genomes Project | Genomics England | Великобритани | 100000 геномов | не завершено? | 87 231 по состоянию на 1ое октября 100 000 по состоянию на 5ое декабря |
публикация о достижении 100 000 геномов |
4. Составьте таблицу митохондриальных генов одного из организмов таксона Basidiomycota
Поиск выполнялся по ENA (EMBL) на сайте EBI
Поиск проводился в ENA по таксону Basidiomycota и содержал следующий текст запроса:
tax_tree(1715256) AND mol_type="genomic DNA" AND topology="CIRCULAR" AND organelle="mitochondrion"
Результат был "No results found for <имя команды>"
К сожалению, каким бы образом я ни выбирала команду, ответ поисковика оставался тем же. Тогда я задала новую команду при поиске "tax_eq(1586276)", таким образом пытаясь узнать, есть ли вообще представители моего таксона в этой базе данных. И результат оказался всего 1:
KM605201Basidiomycota sp. 16F-3 18S ribosomal RNA gene, partial sequence.
В связи с тем, что на моем таксоне выполнить работу не получится, я взяла другой таксон, который уже был в таблице: Nematoda. организм, разумеется, был выбран не такой, как у других ребят.
5. Составьте таблицу митохондриальных генов одного из организмов таксона Nematoda
Поиск проводился в ENA по таксону Nematoda и содержал следующий текст запроса:
mol_type="genomic DNA" AND topology="CIRCULAR" AND organelle="mitochondrion" AND tax_tree(6231)
В результате получили 2 находки в Update и 313 - в Release
Выбранный организм - Nippostrongylus brasiliensis (AC: KY347017.1)
Nippostrongylus brasiliensis mitochondrion, complete genome
Sequence length - 13,355
Расположение белков в этом геноме
таблица генов белков, закодированных в митохондриальном геноме
| короткое название гена | полное название | координаты в геноме | ориентация в геноме | идентификатор в БД белков |
| COX1 | cytochrome c oxidase subunit I | 1..1575 | main chain | APU89575.1 |
| COX2 | cytochrome c oxidase subunit II | 1820..2515 | main chain | APU89577.1 |
| ND3 | NADH dehydrogenase subunit 3 | 3523..3858 | main chain | APU89576.1 |
| ND5 | NADH dehydrogenase subunit 5 | 3858..5439 | main chain | APU89585.1 |
| ND6 | NADH dehydrogenase subunit 6 | 5689..6123 | main chain | APU89582.1 |
| ND4L | NADH dehydrogenase subunit 4L | 6124..6356 | main chain | APU89578.1 |
| ND1 | NADH dehydrogenase subunit 1 | 7339..8206 | main chain | APU89579.1 |
| ATP6 | ATP Synthase 6 | 8207..8806 | main chain | APU89586.1 |
| ND2 | NADH dehydrogenase subunit 2 | 9003..9842 | main chain | APU89583.1 |
| CYTB | cytochrome b | 10076..11186 | main chain | APU89580.1 |
| COX3 | cytochrome c oxidase subunit III | 11242..12007 | main chain | APU89581.1 |
| ND4 | NADH dehydrogenase subunit 4 | 12074..13291 | main chain | APU89584.1 |
© Grigorjeva Masha