GATC

Реконструкция филогении

для реконструкции филогенетического дерева бы выбран белок 16S рРНК-метилтрансфераза H с мнемоникой RSMH

Fig1. Catalytic activity

список идентификаторов белков:

Индикатор	Название белка	Кодирующий ген	Штамм
RSMH_PROMH	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H	rsmH mraW, PMI2078	Proteus mirabilis (strain HI4320)
RSMH_SACD2	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H	rsmH mraW, Sde_0840	Saccharophagus degradans (strain 2-40 / ATCC 43961 / DSM 17024)
RSMH_ACICJ	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H	rsmH mraW, Acry_0055	Acidiphilium cryptum (strain JF-5)
RSMH_PARDP	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H	rsmH mraW, Pden_0583	Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222)
RSMH_ROSDO	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H	rsmH mraW, RD1_3368	Roseobacter denitrificans (strain ATCC 33942 / OCh 114) (Erythrobacter sp. (strain OCh 114)) (Roseobacter denitrificans)
RSMH_BARHE	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H	rsmH mraW, BH11320	Bartonella henselae (strain ATCC 49882 / DSM 28221 / Houston 1) (Rochalimaea henselae)
RSMH_AGRFC	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H	rsmH mraW, Atu2102, AGR_C_3815	Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58))
RSMH_RHIME	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H	rsmH mraW, R02184, SMc01858	Rhizobium meliloti (strain 1021) (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti)

Последовательности этих белковбыли выровнены с помощью программы:

muscle -in term4pr2-notmus.fasta -out term4pr2-mus.fasta

На всякий случай привожу данные вывода этой программы в командную строку:

term4pr2-notmus 8 seqs, max length 346, avg length 327

00:00:00 22 MB(-3%) Iter 1 100.00% K-mer dist pass 1

00:00:00 22 MB(-3%) Iter 1 100.00% K-mer dist pass 2

00:00:01 25 MB(-4%) Iter 1 100.00% Align node

00:00:01 25 MB(-4%) Iter 1 100.00% Root alignment

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 2 100.00% Refine tree

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 2 100.00% Root alignment

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 3 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 4 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 5 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 6 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 7 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 8 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 9 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 10 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 11 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 12 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 13 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 14 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 15 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 16 100.00% Refine biparts

00:00:01 26 MB(-4%) Iter 17 100.00% Refine biparts

Далее я открыла выравнивание в MEGA (методом "Analyze") и реконструируировала филогению, предварительно удалив все лишнее из названий последовательностей, в том числе и мнемонику белков, оставив только мнемонику видов (файл term4pr2-mus-new.fasta)

Затем я провела построение с помощью 5ти различных алгоритмов.

UPGMA

Это метод:
+ прямой
+ использует молекулярные часы (строит укорененное ультраметрическое дерево)
+ дистанционный
+ реконструирует длины ветвей.


Fig2. Tree by UPGMA	Original Tree from pr1

Neighbor-Joining

Это метод:
+ прямой
+ не использует молекулярные часы (строит неукорененное дерево)
+ дистанционный
+ реконструирует длины ветвей.


Fig3. Tree by Neighbor-Joining	Original Tree from pr1

Минимальной эволюции

Это метод:
+ переборный
+ может использовать молекулярные часы
+ дистанционный
+ реконструирует длины ветвей.


Fig4. Tree by Minimum-Evolution	Original Tree from pr1

Максимальной экономии

Это метод:
+ переборный
+ не может использовать молекулярные часы
+ символьный
+ не реконструирует длины ветвей.


Fig4. Tree by Maximum-Parsimony	Original Tree from pr1

Наибольшего правдоподобия

Это метод:
+ переборный
+ может использовать молекулярные часы
+ символьный
+ реконструирует длины ветвей.


Fig4. Tree by Minimum-Likelihood	Original Tree from pr1