Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Протеомы выбранных бактерий (список представлен в таблице ниже) перенесены в один файл - all_bact.fasta с помощью команды:

cat file1.fasta >> file2.fasta

Отобранные бактерии

Файл с протеомами преобразован в базу данных:

makeblastdb -in all_bact.fasta -dbtype prot

Файл с протеомами преобразован в базу данных:

blastp -db all_bact.fasta -query P0A6H1.fasta -out term4pr3.txt -evalue 0.001 -outfmt 7

Из всех найденных белков выбраны, имеющий процент идентичности больше 35, их список приведен в файле: term4pr3.txt

Был создан фаста-файл, содержащий последовательности всех этих белков: allhom.fasta

Последовательности этих белков были выровнены с помощью программы:

muscle -in allhom.fasta -out allhommus1.fasta

Далее я использовала программу MEGA для построения и анализа дерева, содержащего паралоги

Примеры ортологов (произошло разделение путей эволюции белков в результате видообразования):

1. Белки с мнемоникой CLPX_*

2. Белки с мнемоникой HSLU_*

Примеры паралогов (произошла дупликация гена):

1. Белки CLPX_PROMH, HSLU_PROMH, B4F2B3_PROMH

2. Белки CLPX_AGRFC, HSLU_AGRFC, Q7CT50_AGRFC