Трансмембранные белки
1. База данных OPM
Ниже приведены некоторые сведения о двух трансмембранных белках, первый из которых содержит в своей трансмембранной части альфа-спирали, а второй - бета-листы.
1uaz » Archaerhodopsin-1
Type: Transmembrane (3 classes)
Class: Alpha-helical polytopic (123 superfamilies)
Superfamily: Rhodopsin-like receptors and pumps (7 families) CL0192
Family: Microbial and algal rhodopsins (46 proteins) 3.E.1 (TCDB) PF01036 PDBsum
Species: Halobacterium sp. (3 proteins)
Localization: Archaebacterial membrane (104 proteins)
| Толщина гидрофобной части белка в мембране, Ангстрем | 31.8 ± 1.3 Å |
| Координаты трансмембранных спиралей | 1(15-38),2(48-68),3(86-104),4(111-133),5(138-160),6(179-197),7(207-230) |
| Среднее количество остатков в одной альфа-спирали | 7 |
| В какой мембране находится белок | Архебактериальная мембрана |
2k0l » Outer membrane protein A from Klebsiella
Type: Transmembrane (3 classes)
Class: Beta-barrel transmembrane (34 superfamilies)
Superfamily: OmpA-OmpF porin family (n=8,S=10) (3 families) 1.B.6 (TCDB)
Family: OmpA family (4 proteins) PF01389 PDBsum
Species: Klebsiella pneumoniae (15 proteins)
Localization: Bacterial Gram-negative outer membrane (268 proteins)
| Толщина гидрофобной части белка в мембране, Ангстрем | 24.3 ± 2.3 Å |
| Координаты трансмембранных спиралей | 1(19-26),2(52-61),3(66-74),4(92-103),5(108-119),6(142-152),7(157-164),8(184-190) |
| Среднее количество остатков в одной альфа-спирали | 8 |
| В какой мембране находится белок | Бактериальная наружная мембрана (грам-отрицательных бактерий) |
2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей
3. База данных TCDB
Первый белок в базе не нашёлся
для второго белка данные доступны по ссылке
Организм Klebsiella pneumoniae
TCID: 1.B.6.1.11
О TC-system можно почитать тут
Первое число - это класс, к которому принадлежит данный транспортный белок (1 - транспортный канал); B - подкласс; 6 - семейство(The OmpA-OmpF Porin (OOP) Family); 1 - подсемейство; 11 - множество субстратов, которые данный белок транспортирует.
О семействе 6 можно почитать тут
Трехмерная структура исследуемого белка (OmpA of 210 aas.) была решена с помощью ЯМР (Renault et al. 2010), и была исследована ее динамика (Renault et al. 2009).
© Grigorjeva Masha