Геномное окружение. База данных GO
1. Получение информации о КОГе, к которому относится ваш белок
Анализируемый белок: ALV22298.1 hypothetical protein NY10_1699 [Carnobacterium sp. CP1]
Fasta-файл белка
Первым делом мы произвели анализ с помощью сервиса CDD (Conserved Domain Database)
Результат работы сервиса проведень на рисунке ниже
Далее с помощью последнего релиза базы данных был охарактеризован наш КОГ:
COG1477 - Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE
| Идентификатор КОГа | COG1477 |
| e-value для отнесения белка к данному КОГу | 3.36e-124 |
| Interval | 2-335 |
| Название КОГа и функциональную категорию на английском языке | Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE [Coenzyme transport and metabolism] |
| Перевод названия КОГа и функциональной категории на русский язык | Тиамин биосинтеза липопротеина ApbE [Транспорт и метаболизм кофермента] |
2. Визуализация геномного окружения
Далее было получено изображение геномного окружения для обнаруженного КОГа с помощью COGNAT.
На изображении ниже указана первая попытка запустить COGNAT
Результат: COGNAT.pdf
В дальнейшем значение параметра Occurrence Threshold (%) было заменено на 10
На изображении ниже указан результат второго запуска COGNAT
Результат: COGNAT1.pdf
Геномное окружение консервативным во всех наблюдаемых случаях, вариабельности нет.
3. Отнесение белка hypothetical protein NY10_1699 из Carnobacterium sp. CP1 к терминам GO
С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST обнаружен в БД GO белок, который наиболее похож на исследуемый.
Эти две находки имеют одинаковую последовательность, единый организм, но разные названия и идентификаторы.
Как видно на приведенном выше изображении, P-value находки равен 6.9e-31. Далее приведены изображения выравниваний:
В дальнейшем будем считать, что это один и тот же белок (данные проверены для обоих идентификаторов).
Эти две бактерии (бактерия-хозяин исследуемого белка и бактерия, найденная в БД GO) относятся к межранговому домену (подцарство?) Террабактерий.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q3Z659
|
Аспект |
Идентификатор GO |
Название термина |
Перевод названия термина |
Код типа достоверности |
|
Биологический процесс (Biological process) |
GO:0006807 |
nitrogen compound metabolic process |
Метаболический процесс связывания азота |
ISS |
|
Молекулярная функция(?) |
GO:0003674 |
molecular_function |
судя по всему, нет названия |
ND |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
|
Код типа достоверности |
Расшифровка кода типа достоверности |
Объяснение |
|
Inferred from Sequence or structural Similarity |
Данный код присваивается в случае, когда используется комбинация основанных на последовательности инструментов или методов. ISS может также использоваться для указания структурного сходства с экспериментально охарактеризованными генными продуктами, что определяется с помощью кристаллографии, ядерного магнитного резонанса или компьютерного прогнозирования. |
|
|
No biological Data available |
Данный код присваивается в случае, когда информация о молекулярной функции, биологическом процессе или клеточном компоненте гена или аннотируемого генного продукта недоступна. |
Итак, мною был произведен поиск гомолога белка, данного мне в первом семестре. В результате анализа был выявлен ген, находящийся в совершенно не близкородственном организме. Информация по нему имела довольно странный вид, многие данные были недоступны.
© Grigorjeva Masha