Практикум 2. Альтернативные положения, B-фактор, кристалл

Задание 1. Альтернативные положения

Было предложено в структуре 6AM7 проанализировать альтернативные положения ARG37 chain B

На рисунке 1 можно увидеть два положения. Левое положение (2 линии пунктиром) - это положение В, правое (3 линии пунктиром) - положение А. Все связи лежут в нужных пределах.

Рис 1. Альтернативные положения ARG37 chain B

Поначалу можно подумать, что раз в А-положении три связи, то оно нам подходит больше, но две связи из них якорятся не на цепь. Поэтому я склоняюсь больше к тому, что наиболеевыгодным будет положение B. При этом в PDB файле параметр населенность показывает по 0.5 для обоих положений. Возможно, это из-за того, что большее значение имеет связь, имеющая в обоих случаях значение 2.8.

Задание 2. B-фактор

В данном задании нам нужно раскрасить молекулу белка по B-фактору, сначала остов, затем остатки.

B-фактор - это еще один дополнительный параметр в задаче интерпретации электронной плотности. Он позволяет дополнительно "раздуть" колокол электронной плотности от определенного атома, чтобы лучше объяснить плотность.

Рис 2. Раскраска 6AM7 по В-фактору в цветовой схеме blue_white_red

По сути В-фактор показывает уровень подвижности атомов. По рисунку 2 можно заметить, что светлые и красные участки в основном располагаются ближе к периферии структуры, а синие и тёмно-синие больше внутри глобулы. Как раз синий цвет означает меньшую подвижность, а краснота - большую.Это легко объясняется тем, что ближе к центру глобулы участки стабилизированы взаимодействиями друг с другом.

Рис 3. Раскраска одного "розового" остатка 6AM7 по В-фактору в цветовой схеме blue_white_red

По раскраске одного остатка сложно сделать больше выводов, чем было сделано в прошлом практикуме, поэтому я решила повторить анализ для группы остатков.

Рис 4. Раскраска одного разноцветной группы из 6AM7 по В-фактору в цветовой схеме blue_white_red

Теперь по изображению можно увидеть, что скорость размытия-"исчезания" ЭП разная для разной степени окраски по В-фактору. Это подтверждает предыдущее предположение о подвижности.

Задание 3. Соседи

Белок, структуру которого мы видим, открывая запись PDB в Pymol, на самом деле находится не в вакууме и не в растворе, а является частью кристалла. Для построения кристалла я воспользовалась symmetry mates с отсечкой расстояния в 4анстр.

Рис 4.Построенная структура кристалла белка

Рис 5. Раскрашенные соседи, исходная структура покрашена в синий