На страницу Term2

Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Матрицы переходов

Глобальное выравнивание

  • Матрица переходов строилась для последовательностей первая из которых- это первые 4 аминокислотных остатков белка DEF_ECOLI, вторая -получена из первой двумя произвольными заменами и вставкой одной аминокислоты. Последовательности, для которых строилась матрица переходов:
    1.M S V L ;   2.M A L V Q
  • Параметры, использовавшиеся при построении матрицы
    • вес совпадения — 2
    • вес замены — -1
    • штраф за делецию — -2

  • Матрица переходов (оптимальный путь выравнивания выделен желтым цветом):












  • Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:

    M S V L -

    М A L V Q

  • Bес оптимального пути — 0

Локальное выравнивание

  • Матрица переходов строилась для первых 9 аминокислотных остатков белка DEF_ECOLI и для 2,3,7,8,9 аминокислотных остатков того же белка. Последовательности, для которых строилась матрица переходов:
    1.M S V L Q V L H I ;   2.S V L H I

  • Параметры, использовавшиеся при построении матрицы
    • вес совпадения — 2
    • вес замены — -1
    • штраф за делецию — -2

  • Матрица переходов (оптимальный путь выравнивания выделен красным цветом):












  • Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:

    М S V L Q V L H I

     S V L        

    Выравнивание, соответствующие оптимальному пути:

    М S V L Q V L H I

                 H I

  • Bес получившихся путей равен — 6
  • Поэтому, я считаю, что оба пути оптимальны.

Влияние параметров на глобальное выравнивание



Комментарии:
    При сравнении двух вышеуказанных выравниваний видно, что количество гэпов в первом выравнивании больше (из-за маленького штрафа за открытие делеции). В итоге повышается процент идентичности последовательностей (увеличивается количество совпавших аминокислотных остатков). В втором же выравнивании учитывается большая вероятность замен одних аминокислот на другие в соответствующих последовательностях, чем появления в них дополнительных делеций, что более вероятно в природе.


© Андреева Мария 2005