|
|
DEF_ECOLI 1 SVLQVLHIPDERLRKVAKPVEEVNAEIQRIVDDMFETMYAEEGIGLAAT 49 ||||||..||:|||.||||||:|..|||:|||||.|||||||||||||| DEF1_VIBCH 1 MSVLQVLTFPDDRLRTVAKPVEQVTPEIQQIVDDMLETMYAEEGIGLAAT 50 DEF_ECOLI 50 QVDIHQRIIVIDVSENRDERLVLINPELLEKSGETGIEEGCLSIPEQRAL 99 ||||||||:|||:||.||:.:||||||::||.||.||||||||:|..||| DEF1_VIBCH 51 QVDIHQRIVVIDISETRDQPMVLINPEIIEKRGEDGIEEGCLSVPGARAL 100 DEF_ECOLI 100 VPR-AEKVKIRALDRDGKPFELEADGLLAICIQHEMDHLVGKLFMDYLSP 148 ||| || |.::||||:|:.::.:||.|||||:|||:|||.||||:||||| DEF1_VIBCH 101 VPRAAE-VTVKALDRNGQEYQFDADDLLAICVQHELDHLAGKLFVDYLSP 149 DEF_ECOLI 149 LKQQRIRQKVEKLDRL--KARA 168 ||:.||::|:||:.|. | : DEF1_VIBCH 150 LKRNRIKEKLEKIKRFNEK-K 169 Aligned_sequences: 2 1: DEF_ECOLI 2: DEF1_VIBCH Matrix: EBLOSUM62 Gap_penalty: 1.0 Extend_penalty: 1.0 Length: 172 Identity: 119/172 (69.2%) Similarity: 145/172 (84.3%) Gaps: 7/172 ( 4.1%) Score: 631.0 |
DEF_ECOLI 1 SVLQVLHIPDERLRKVAKPVEEVNAEIQRIVDDMFETMYAEEGIGLAAT 49 ||||||..||:|||.||||||:|..|||:|||||.|||||||||||||| DEF1_VIBCH 1 MSVLQVLTFPDDRLRTVAKPVEQVTPEIQQIVDDMLETMYAEEGIGLAAT 50 DEF_ECOLI 50 QVDIHQRIIVIDVSENRDERLVLINPELLEKSGETGIEEGCLSIPEQRAL 99 ||||||||:|||:||.||:.:||||||::||.||.||||||||:|..||| DEF1_VIBCH 51 QVDIHQRIVVIDISETRDQPMVLINPEIIEKRGEDGIEEGCLSVPGARAL 100 DEF_ECOLI 100 VPRAEKVKIRALDRDGKPFELEADGLLAICIQHEMDHLVGKLFMDYLSPL 149 ||||.:|.::||||:|:.::.:||.|||||:|||:|||.||||:|||||| DEF1_VIBCH 101 VPRAAEVTVKALDRNGQEYQFDADDLLAICVQHELDHLAGKLFVDYLSPL 150 DEF_ECOLI 150 KQQRIRQKVEKLDRLKARA 168 |:.||::|:||:.|...:. DEF1_VIBCH 151 KRNRIKEKLEKIKRFNEKK 169
Aligned_sequences: 2 1: DEF_ECOLI 2: DEF1_VIBCH Matrix: EBLOSUM62 Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 1.0 Length: 169 Identity: 117/169 (69.2%) Similarity: 144/169 (85.2%) Gaps: 1/169 ( 0.6%) Score: 624.0
Комментарии: При сравнении двух вышеуказанных выравниваний видно, что количество гэпов в первом выравнивании больше (из-за маленького штрафа за открытие делеции). В итоге повышается процент идентичности последовательностей (увеличивается количество совпавших аминокислотных остатков). В втором же выравнивании учитывается большая вероятность замен одних аминокислот на другие в соответствующих последовательностях, чем появления в них дополнительных делеций, что более вероятно в природе.
© Андреева Мария 2005 |