Глобальное выравнивание
- Матрица переходов строилась для последовательностей первая из которых- это первые 4 аминокислотных остатков белка DEF_ECOLI, вторая -получена из первой двумя произвольными заменами и вставкой одной аминокислоты. Последовательности, для которых строилась матрица переходов:
1.M S V L ; 2.M A L V Q
- Параметры, использовавшиеся при построении матрицы
- вес совпадения — 2
- вес замены — -1
- штраф за делецию — -2
- Матрица переходов (оптимальный путь выравнивания выделен желтым цветом):
- Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:
M S V L -М A L V Q
- Bес оптимального пути — 0
|
Локальное выравнивание
- Матрица переходов строилась для первых 9 аминокислотных остатков белка DEF_ECOLI и для 2,3,7,8,9 аминокислотных остатков того же белка. Последовательности, для которых строилась матрица переходов:
1.M S V L Q V L H I ; 2.S V L H I
- Параметры, использовавшиеся при построении матрицы
- вес совпадения — 2
- вес замены — -1
- штраф за делецию — -2
- Матрица переходов (оптимальный путь выравнивания выделен красным цветом):
- Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:
М S V L Q V L H I S V L
Выравнивание, соответствующие оптимальному пути:
М S V L Q V L H I H I
- Bес получившихся путей равен — 6
- Поэтому, я считаю, что оба пути оптимальны.
|