На главную страницу второго семестра 

Матрицы весов аминокислотных замен


Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку DEF_ECOLI




                                                                                                       
                                          *       1 0         *       2 0         *       3 0          
D E F 2 _ B A C S T     1   :   P E L A A K Y G L R P G I G L A A P Q I N V S K R M I A V H   :   3 0
D E F 2 _ B A C S U     1   :   P E L A E K Y K L R P G V G L A A P Q I N I K K R M I A V H   :   3 0
D E F _ A Q U A E |     1   :   R D M F D T M Y E A E G V G L A A N Q I G V P L S V M V I D   :   3 0
D E F _ B A C S U |     1   :   D D M Y D T M L E M D G V G L A A P Q I G I L K R A A V V E   :   3 0
D E F _ B O R B U |     1   :   K K M I E L M D I S G G V G L A A P Q V G L D L A L F V V R   :   3 0
D E F _ B U C A I |     1   :   N D M I D T M Y Q E E G I G L A A T Q V N I P L Q I I V V N   :   3 0
D E F _ C H L M U |     1   :   L D M S E T M T F Y K G V G L A A P Q V G H S V A L F I M G   :   3 0
D E F _ C H L P N |     1   :   S D M C D T M E A H R G V G L A A P Q V G K N V S L F V M C   :   3 0
D E F _ C H L T R |     1   :   L D M S E T M A F Y K G V G L A A P Q V G Q S I S L F I M G   :   3 0
D E F _ C L O A B |     1   :   D D M F E T M Y N A D G V G L A A P Q V G I L K R L V V I D   :   3 0
D E F _ E C O L I |     1   :   D D M F E T M Y A E E G I G L A A T Q V D I H Q R I I V I D   :   3 0
D E F _ F R E D I |     1   :   R D M L Q T M Y S K D G I G L A A P Q V G I H K Q L I V I D   :   3 0
D E F _ H A E I N |     1   :   D D M F D T M Y Q E K G I G L A A P Q V D I L Q R I I T I D   :   3 0
D E F _ H E L P J |     1   :   D D M H E T M I A S E G I G L A A I Q V G L P L R M L I I N   :   3 0
D E F _ H E L P Y |     1   :   D D M H E T M I A S E G I G L A A I Q V G L P L R M L I I N   :   3 0
D E F _ L A C L A |     1   :   P V M A E K M G L R G G V G L A A N Q L G L L K K V I A V L   :   3 0
D E F _ M Y C G E |     1   :   D G K A Q E Y D I I P G I G I A A N Q I G Y W K Q L F Y I H   :   3 0
D E F _ M Y C P N |     1   :   N G D A E K Y G I I P G I G I A A N Q I G Y W K Q M F Y I H   :   3 0
D E F _ M Y C T U |     1   :   A T M Y D T M D A A N G V G L A A N Q I G C S L R L F V Y D   :   3 0
D E F _ P A S M U |     1   :   D N M F E T M Y L E E G I G L A A T Q V N I H Q R I I T I D   :   3 0
D E F _ R I C P R |     1   :   H D M L E T M Y N A D G A G L A A V Q V G I L L R I L V I D   :   3 0
D E F _ S T R C O |     1   :   D D M F R T M Y V A E G A G L A A N Q V G V D L R L F V Y D   :   3 0
D E F _ S Y N Y 3 |     1   :   K E M L Q T M Y S A N G I G L A A P Q V G I N K Q L L V V D   :   3 0
D E F _ T H E M A |     1   :   E R M I E T M Y H Y D G V G L A A P Q V G I S Q R F F V M D   :   3 0
D E F _ T H E T H |     1   :   E D M L E T M F E A K G V G L A A P Q I G L S Q R L F V A V   :   3 0
D E F _ T R E P A |     1   :   S G M F R V M R G A G G V G L A A P Q V G R T V R V F V V D   :   3 0
Q 9 9 X Y 7 | 5 9       1   :   P V M A E K L G L R A G V G L A A P Q I D V S K R I I A V L   :   3 0
Q 9 A B F 5 | 3 7       1   :   D D M L E T M Y D A P G I G L A A V Q V G E P V R V I V M D   :   3 0
Q 9 C B I 2 | 3 8       1   :   S T M Y D T M D A A H G V G L A A N Q I G Y G L R V F V Y D   :   3 0
Q 9 F 2 F 0 | 5 9       1   :   P V M A E K M G L R G G V G L A A P Q L D I S K R I I A V L   :   3 0
Q 9 F 4 L 4 | 4 7       1   :   E E I A K R Y G L R S G V G L A A P Q I N I S K R M I A V L   :   3 0
Q 9 F C A 2 | 8 1       1   :   E D L F A T M Y A A H G V G L A A N Q V G E A V R V F V Y D   :   3 0
Q 9 F U Z 0 | 1 2 1     1   :   E E M V K V M R N A P G V G L A A P Q I G I P L K I I V L E   :   3 0
Q 9 F U Z 2 | 1 1 0     1   :   D A M F D V M Y K T D G I G L S A P Q V G L N V Q L M V F N   :   3 0
Q 9 F V 5 3 | 1 1 3     1   :   D D M I K V M R L A P G V G L A A P Q I G V P L R I I V L E   :   3 0
Q 9 F V 5 4 | 1 1 6     1   :   D E M F D I M Y K T D G I G L S A P Q V G M N V Q L M V F N   :   3 0
Q 9 H B H 1 | 9 7       1   :   Q R L V Q V M R R R R C V G L S A P Q L G V P R Q V L A L E   :   3 0
Q 9 I 7 A 8 | 3 3       1   :   D D M F E T M Y E A P G I G L A A T Q V N V H K R I V V M D   :   3 0
Q 9 J Q N 0 | 3 3       1   :   A D M F E T M Y E S R G I G L A A T Q V D V H E R V V V M D   :   3 0
Q 9 K 4 A 0 | 7 1       1   :   A D M F A S Q R T A E G V G L A A N Q I G V S K K V F V Y D   :   3 0
Q 9 K 9 I 9 | 4 7       1   :   P E I A E K Y S L R P G V G L A A P Q I G L S K Q M I A V H   :   3 0
Q 9 K N 1 6 | 3 3       1   :   D L L D T L Y A T D N G I G L A A P Q V G R E E A I V V I D   :   3 0
Q 9 K V U 3 | 3 3       1   :   D D M L E T M Y A E E G I G L A A T Q V D I H Q R I V V I D   :   3 0
Q 9 K X 6 3 | 5 9       1   :   D D N A E K Y D I R P G I G I A A N Q L G L N Q R F F Y V H   :   3 0
Q 9 L Y J 4 | 1 1 0     1   :   D A M F D V M Y K T D G I G L S A P Q V G L N V Q L M V F N   :   3 0
Q 9 P E V 2 | 3 6       1   :   D D M F E T M Y A A P G I G L A A T Q V N V H Q R F M V I D   :   3 0
Q 9 P I T 8 | 3 2       1   :   D D M Y E T M I A S N G V G L A A I Q V D I P L R V L L V N   :   3 0
Q 9 P Q 2 5 | 6 1       1   :   H N Q A K K Y K I R S G I A I A A N Q V G W N K R A T Y I H   :   3 0
Q 9 R D 2 7 | 5 5       1   :   E A L R L T M H A A P G V G L A A P Q V G V G L R V A V I E   :   3 0
Q 9 R E Q 2 | 3 3       1   :   D D M F E T M Y K A P G I G L A A I Q V G V A K R L L V I D   :   3 0
Q 9 R R Q 4 | 6 0       1   :   D T M L E T M F E E R G V G L A A P Q I G L P V R M F V A V   :   3 0
Q 9 V G Y 2 | 3 9       1   :   D G M V K V L R H Y D C V G V A A P Q V G I P L R I I V M E   :   3 0
Q 9 X I 3 0 | 1 0 3     1   :   D D M I K V M R L A P G V G L A A P Q I G V P L R I I V L E   :   3 0
Q 9 Z A W 6 | 3 3       1   :   D D M Y E T M I A S E G I G L A A I Q V G L P L R M L I I N   :   3 0
                                      m       m         G   G L A A   Q v g       r     v              

Цвета, отвечающие степени консервативности колонок в множественном выравнивании:





Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока PR01576A из базы данных BLOCKS

       
Пара аминокислот nαβ pαβ qα qβ sαβ
Глицин, Аланин 94 0,00237 0,102 0,07829 -5,5073
Глицин,Глицин 3244 0,0817 0,102 0,102 5,9474
Глицин, Аспарагин 326 0,00821 0,102 0,03096 0,75755

  Обозначения:

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

       
Пара аминокислот nαβ pαβ qα qβ sαβ
Глицин, Аланин 2140915 0,009342 0,070826 0,078016 -0,48476
Глицин, Глицин 7449873 0,032508 0,070826 0,070826 5,392207
Глицин, Аспарагин 1402318 0,006119 0,070826 0,034191 0,674724

  Обозначения:
Сравнение весов аминокислотных замен
           
Пара аминокислот Блок PR01576A 200 блоков BLOSUM62
Глицин, Аланин -6 0 0
Глицин,Глицин 3 5 6
Глицин, Аспарагин 1 1 0



Выводы:



Андреева Мария,2005