На страницу Term2

Реконструкция филогенетических деревьев

Построение матрицы попарных расстояний

      Требовалось программой eprotdist постройть матрицу попарных расстояний 10 последовательностей ортологов
белка DEF_ECOLI.

      Исходные данные — файл ortho.msf, созданный при выполнении упражнения 2 задания 9 (содержит выравнивание
9 последовательностей ортологов белка DEF_ECOLI). Выходной файл — ortho.dist; метод выбран по умолчанию.

      Полученная матрица попарных расстояний:

    9
DEF1_VIBVU     0.00000  0.00000  0.12628  0.33019  0.54972  0.62214  0.64395  0.77680  0.84491
DEF2_VIBVY     0.00000  0.00000  0.12628  0.33019  0.54972  0.62214  0.64395  0.77680  0.84491
DEF1_VIBCH     0.12628  0.12628  0.00000  0.34848  0.51521  0.59597  0.61903  0.80335  0.84257
DEF_ECOLI      0.33019  0.33019  0.34848  0.00000  0.48790  0.63191  0.68779  0.75281  0.78300
DEF_PASMU      0.54972  0.54972  0.51521  0.48790  0.00000  0.44620  0.80579  0.81779  1.09848
DEF_HAEDU      0.62214  0.62214  0.59597  0.63191  0.44620  0.00000  1.00592  0.86565  1.18515
DEF_XYLFT      0.64395  0.64395  0.61903  0.68779  0.80579  1.00592  0.00000  0.94012  0.89454
DEF_BUCBP      0.77680  0.77680  0.80335  0.75281  0.81779  0.86565  0.94012  0.00000  0.94999
DEF2_VIBVU     0.84491  0.84491  0.84257  0.78300  1.09848  1.18515  0.89454  0.94999  0.00000


   

Реконcтрукция неукоренённого дерева методом Neighbor-Joining
 

      Требовалось программой eneighbor реконструировать филогенетическое дерево рассматриваемых последовательностей.
      Применяемые параметры: входной файл ("Distance matrix") —ortho.dist, выходные файлы — ortho.nj ("Output file") и ortho_nj.tre ("Tree file"), остальные — по умолчанию

      Неукоренённое дерево:

         

 9 Populations

 



           +---------DEF_PASMU 
  +--------1  
  !        +---------------DEF_HAEDU 
  !  
  !       +----------------------DEF_XYLFT 
  !    +--4  
--7----5  +------------------------------DEF2_VIBVU
  !    !  
  !    +---------------------------DEF_BUCBP 
  !  
  !             +DEF1_VIBVU
  !         +---2  
  !  +------3   +DEF2_VIBVY
  !  !      !  
  +--6      +---DEF1_VIBCH
     !  
     +---------DEF_ECOLI 







  
Between        And            Length
-------        ---            ------
   7             1              0.14897
   1          DEF_PASMU         0.17280
   1          DEF_HAEDU         0.27341
   7             5              0.08818
   5             4              0.04396
   4          DEF_XYLFT         0.37811
   4          DEF2_VIBVU        0.51643
   5          DEF_BUCBP         0.45382
   7             6              0.02360
   6             3              0.11418
   3             2              0.06442
   2          DEF1_VIBVU        0.00000
   2          DEF2_VIBVY       -0.00000
   3          DEF1_VIBCH        0.06186
   6          DEF_ECOLI         0.16202

Реконcтрукция укоренённого ультраметрического дерева методом UPGMA

      Требовалось с помощью той же программы eneighbor построить укоренённое ультраметрическе дерево методом UPGMA.
      Применяемые параметры: входные данные — те же, выходные файлы — ortho.upgma ("Output file") и ortho_nj.upgma ("Tree file"), на вопрос "Neighbor-joining" дан отрицательный ответ ("N").

      Укоренённое дерево:

         

  9 Populations
                              


 


                              +DEF1_VIBVU
                          +---1  
                    +-----2   +DEF2_VIBVY
                    !     !  
             +------3     +---DEF1_VIBCH
             !      !  
        +----5      +---------DEF_ECOLI 
        !    !  
        !    !   +------------DEF_PASMU 
     +--6    +---4  
     !  !        +------------DEF_HAEDU 
  +--7  !  
  !  !  +---------------------DEF_XYLFT 
--8  !  
  !  +------------------------DEF_BUCBP 
  !  
  +---------------------------DEF2_VIBVU







 

     
Between        And            Length
-------        ---            ------
   8             7              0.05570
   7             6              0.04232
   6             5              0.08128
   5             3              0.11778
   3             2              0.10500
   2             1              0.06314
   1          DEF1_VIBVU        0.00000
   1          DEF2_VIBVY        0.00000
   2          DEF1_VIBCH        0.06314
   3          DEF_ECOLI         0.16814
   5             4              0.06282
   4          DEF_PASMU         0.22310
   4          DEF_HAEDU         0.22310
   6          DEF_XYLFT         0.36720
   7          DEF_BUCBP         0.40952
   8          DEF2_VIBVU        0.46522

                                                                                                                    

  

        Cкобочная форма записи дерева, построенного по методу Neighbor-Joining:
    ((DEF_PASMU:0.17280,DEF_HAEDU:0.27341):0.14897,((DEF_XYLFT:0.37811,

    DEF2_VIBVU:0.51643):0.04396,DEF_BUCBP:0.45382):0.08818,(((DEF1_VIBVU:0.00000, 
    DEF2_VIBVY:-0.00000):0.06442,DEF1_VIBCH:0.06186):0.11418, 
    DEF_ECOLI:0.16202):0.02360);                                                  
        Cкобочная форма записи дерева, построенного по методу UPGMA:
    (((((((DEF1_VIBVU:0.00000,DEF2_VIBVY:0.00000):0.06314,DEF1_VIBCH:0.06314):0.10500,

    DEF_ECOLI:0.16814):0.11778,(DEF_PASMU:0.22310,DEF_HAEDU:0.22310):0.06282):0.08128,         
     DEF_XYLFT:0.36720):0.04232,DEF_BUCBP:0.40952):0.05570,DEF2_VIBVU:0.46522);           

Сравнение топологии деревьев

Не имеют гомологичных веток из дерева 1: 4-5, а из дерева 2: 7-8 и 7-6. Остальные ветки гомологичны.


© Андреева Мария, 2005