Реконструкция филогенетических деревьев

Построение матрицы попарных расстояний

Требовалось программой eprotdist постройть матрицу попарных расстояний 10 последовательностей ортологов
белка DEF_ECOLI.

Исходные данные — файл ortho.msf, созданный при выполнении упражнения 2 задания 9 (содержит выравнивание
9 последовательностей ортологов белка DEF_ECOLI). Выходной файл — ortho.dist; метод выбран по умолчанию.

Полученная матрица попарных расстояний:

9 DEF1_VIBVU 0.00000 0.00000 0.12628 0.33019 0.54972 0.62214 0.64395 0.77680 0.84491 DEF2_VIBVY 0.00000 0.00000 0.12628 0.33019 0.54972 0.62214 0.64395 0.77680 0.84491 DEF1_VIBCH 0.12628 0.12628 0.00000 0.34848 0.51521 0.59597 0.61903 0.80335 0.84257 DEF_ECOLI 0.33019 0.33019 0.34848 0.00000 0.48790 0.63191 0.68779 0.75281 0.78300 DEF_PASMU 0.54972 0.54972 0.51521 0.48790 0.00000 0.44620 0.80579 0.81779 1.09848 DEF_HAEDU 0.62214 0.62214 0.59597 0.63191 0.44620 0.00000 1.00592 0.86565 1.18515 DEF_XYLFT 0.64395 0.64395 0.61903 0.68779 0.80579 1.00592 0.00000 0.94012 0.89454 DEF_BUCBP 0.77680 0.77680 0.80335 0.75281 0.81779 0.86565 0.94012 0.00000 0.94999 DEF2_VIBVU 0.84491 0.84491 0.84257 0.78300 1.09848 1.18515 0.89454 0.94999 0.00000

Реконcтрукция неукоренённого дерева методом Neighbor-Joining

      Требовалось программой eneighbor реконструировать филогенетическое дерево рассматриваемых последовательностей.
      Применяемые параметры: входной файл ("Distance matrix") —ortho.dist, выходные файлы — ortho.nj ("Output file") и ortho_nj.tre ("Tree file"), остальные — по умолчанию
      Неукоренённое дерево:

9 Populations +---------DEF_PASMU +--------1 ! +---------------DEF_HAEDU ! ! +----------------------DEF_XYLFT ! +--4 --7----5 +------------------------------DEF2_VIBVU ! ! ! +---------------------------DEF_BUCBP ! ! +DEF1_VIBVU ! +---2 ! +------3 +DEF2_VIBVY ! ! ! +--6 +---DEF1_VIBCH ! +---------DEF_ECOLI


Between And Length ------- --- ------ 7 1 0.14897 1 DEF_PASMU 0.17280 1 DEF_HAEDU 0.27341 7 5 0.08818 5 4 0.04396 4 DEF_XYLFT 0.37811 4 DEF2_VIBVU 0.51643 5 DEF_BUCBP 0.45382 7 6 0.02360 6 3 0.11418 3 2 0.06442 2 DEF1_VIBVU 0.00000 2 DEF2_VIBVY -0.00000 3 DEF1_VIBCH 0.06186 6 DEF_ECOLI 0.16202

Реконcтрукция укоренённого ультраметрического дерева методом UPGMA
      Требовалось с помощью той же программы eneighbor построить укоренённое ультраметрическе дерево методом UPGMA.
      Применяемые параметры: входные данные — те же, выходные файлы — ortho.upgma ("Output file") и ortho_nj.upgma ("Tree file"), на вопрос "Neighbor-joining" дан отрицательный ответ ("N").
      Укоренённое дерево:

9 Populations +DEF1_VIBVU +---1 +-----2 +DEF2_VIBVY ! ! +------3 +---DEF1_VIBCH ! ! +----5 +---------DEF_ECOLI ! ! ! ! +------------DEF_PASMU +--6 +---4 ! ! +------------DEF_HAEDU +--7 ! ! ! +---------------------DEF_XYLFT --8 ! ! +------------------------DEF_BUCBP ! +---------------------------DEF2_VIBVU


Between And Length ------- --- ------ 8 7 0.05570 7 6 0.04232 6 5 0.08128 5 3 0.11778 3 2 0.10500 2 1 0.06314 1 DEF1_VIBVU 0.00000 1 DEF2_VIBVY 0.00000 2 DEF1_VIBCH 0.06314 3 DEF_ECOLI 0.16814 5 4 0.06282 4 DEF_PASMU 0.22310 4 DEF_HAEDU 0.22310 6 DEF_XYLFT 0.36720 7 DEF_BUCBP 0.40952 8 DEF2_VIBVU 0.46522

        Cкобочная форма записи дерева, построенного по методу Neighbor-Joining:

    ((DEF_PASMU:0.17280,DEF_HAEDU:0.27341):0.14897,((DEF_XYLFT:0.37811,     DEF2_VIBVU:0.51643):0.04396,DEF_BUCBP:0.45382):0.08818,(((DEF1_VIBVU:0.00000,     DEF2_VIBVY:-0.00000):0.06442,DEF1_VIBCH:0.06186):0.11418,     DEF_ECOLI:0.16202):0.02360);

        Cкобочная форма записи дерева, построенного по методу UPGMA:

    (((((((DEF1_VIBVU:0.00000,DEF2_VIBVY:0.00000):0.06314,DEF1_VIBCH:0.06314):0.10500,     DEF_ECOLI:0.16814):0.11778,(DEF_PASMU:0.22310,DEF_HAEDU:0.22310):0.06282):0.08128,      DEF_XYLFT:0.36720):0.04232,DEF_BUCBP:0.40952):0.05570,DEF2_VIBVU:0.46522);

Сравнение топологии деревьев
Не имеют гомологичных веток из дерева 1: 4-5, а из дерева 2: 7-8 и 7-6. Остальные ветки гомологичны.

© Андреева Мария, 2005