C помощью команды entret sw:P27251 -auto я получила файл с записью SwissProt, в поле DR которого была информация о соответсвующих записях EMBL.
Всего 9 записей. Для выполнения задания я выбрала записи с AC X63666 и U18997.
С помощью команды entret embl:(здесь AC) -auto мне удалось извлечь не все записи, например, записи с AC
U00096, AE005556 и AP002564 не были найдены. Изучив выбранные две записи EMBL, я обнаружила, что в поле FT нет информации о моём белке def_Ecoli (P27251).
Используя следующие ссылки, я заметила, что данный мне AC белка является вторичным, а основной AC моего белка - P0A6K3.
Вот эти ссылки:
www.expasy.org/uniprot/P0A6K3
www.expasy.org/cgi-bin/get-entries?disp=1&AC=P27251
| ecuw67 | ecfmt | |
|---|---|---|
| ID | ECUW67 | ECFMT |
| AC | U18997 | X63666 |
| Тип молекулы | геномная ДНК | геномная ДНК |
| Длина последовательности в записи | 372438 нуклеотидных остатков | 2256 нуклеотидных остатков |
| Раздел банка | прокариоты | прокариоты |
| Начало гена в записи | 214437 | 54 |
| Конец гена в записи | 214946 | 563 |
| Направление гена | прямое | прямое |
| Дата последнего изменения документа | 17.04.05 | 18.04.05 |
Из записей U18997 и X63666 были извлечены последовательности, которые кодируют белок def_Ecoli. Сохранены соответственно в следующих файлах: ecuw67_gene1.fasta и ecfmt_gene2.fasta. После выравнивания с помощью программы needle, было установлено, что идентичность составляет 100%. Результат выравнивания сохранен в gene1_gene2.needle. Само выравние я решила привести ниже.
ECUW67 1 atgtcagttttgcaagtgttacatattccggacgagcggcttcgcaaagt 50
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ECFMT 1 atgtcagttttgcaagtgttacatattccggacgagcggcttcgcaaagt 50
ECUW67 51 tgctaaaccggtagaagaagtgaatgcagaaattcagcgtatcgtcgatg 100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ECFMT 51 tgctaaaccggtagaagaagtgaatgcagaaattcagcgtatcgtcgatg 100
ECUW67 101 atatgttcgagacgatgtacgcagaagaaggtattggcctggcggcaacc 150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ECFMT 101 atatgttcgagacgatgtacgcagaagaaggtattggcctggcggcaacc 150
ECUW67 151 caggttgatatccatcaacgtatcattgttattgatgtttcggaaaaccg 200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ECFMT 151 caggttgatatccatcaacgtatcattgttattgatgtttcggaaaaccg 200
ECUW67 201 tgacgaacggctagtgttaatcaatccagagcttttagaaaaaagcggcg 250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ECFMT 201 tgacgaacggctagtgttaatcaatccagagcttttagaaaaaagcggcg 250
ECUW67 251 aaacaggcattgaagaaggttgcctgtcgatccctgaacaacgtgcttta 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ECFMT 251 aaacaggcattgaagaaggttgcctgtcgatccctgaacaacgtgcttta 300
ECUW67 301 gtgccgcgcgcagagaaagttaaaattcgcgcccttgaccgcgacggtaa 350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ECFMT 301 gtgccgcgcgcagagaaagttaaaattcgcgcccttgaccgcgacggtaa 350
ECUW67 351 accatttgaactggaagcagacggtctgttagccatctgtattcagcatg 400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ECFMT 351 accatttgaactggaagcagacggtctgttagccatctgtattcagcatg 400
ECUW67 401 agatggatcacctggtcggcaaactgtttatggattatctgtcaccgctg 450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ECFMT 401 agatggatcacctggtcggcaaactgtttatggattatctgtcaccgctg 450
ECUW67 451 aaacaacaacgtattcgtcagaaagttgaaaaactggatcgtctgaaagc 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ECFMT 451 aaacaacaacgtattcgtcagaaagttgaaaaactggatcgtctgaaagc 500
ECUW67 501 ccgggcttaa 510
||||||||||
ECFMT 501 ccgggcttaa 510
Cтруктура транслируемых участков человечкского гена NG36