Просмотреть полученное выравнивание

Далее были определены расстояния по Джуксу - Кантору между последовательностями полученного выравнивания с помощью программы ednadist.
В результате была получена следующая матрица:

Построение филогенетических деревьев

— по методу UPGMA с помощью программы eneighbor:

+----------------------mut_a +------3 ! +----------------------mut_b +----------4 ! ! +---------mut_c ! ! +--------1 --5 +----------2 +---------mut_d ! ! ! +------------------mut_e ! +----------------------------------------mut_f

Скобочная формула: (((mut_a:0.39475,mut_b:0.39475):0.11034,((mut_c:0.17555, mut_d:0.17555):0.14087,mut_e:0.31642):0.18867):0.18190,mut_f:0.68699); Полученное дерево является укорененным и ультраметрическим. Важно понимать, что модель дерева, полученная на выходе программы eneighbor, представляет собой не кладограмму, а филограмму (напомню, что филограммы имеют длины ребер, пропорциональные эволюционным расстояниям). Это дерево идентично начальному дереву (имеет верную топологию и укоренено как исходное дерево). Интересно, что из иcходного неультраметрического дерева удалось получить ультраметрическое! Как уже отмечалось, для построения дерева использовалась программа eneighbor пакета PHYLIP, которая использует в ходе своей работы матрицу попарных расстояний.

— по методу Neighbor-Joining с помощью программы eneighbor:

+-----mut_c +---3 ! +----mut_d ! --4---------mut_e ! ! +-----------mut_a ! +----1 +---2 +-----------mut_b ! +--------------------------mut_f

Скобочная формула: ((mut_c:0.19314,mut_d:0.15796):0.13010,mut_e:0.32720,((mut_a:0.40056, mut_b:0.38894):0.16627,mut_f:0.88008):0.13633); Дерево построено по методу ближайших соседей (Neighbor-Joining). Полученное дерево является неукорененным. Для построения дерева использовалась программа eneighbor пакета PHYLIP, которая использует в ходе своей работы матрицу попарных расстояний.

— по методу Maximum Likelihood с помощью программы ednaml:

+--------------mut_b ! ! +---------------------------------------mut_f --1------4 ! ! +----------mut_e ! +----3 ! ! +----mut_d ! +----2 ! +-----mut_c ! +---------------mut_a

Скобочная формула: (mut_b:0.47612,(mut_f:1.32020,(mut_e:0.36133,(mut_d:0.17726, mut_c:0.19480):0.14550):0.14223):0.22368,mut_a:0.53439); Дерево, построенное по методу максимальногго правдоподобия, является неукорененным. Этот метод является символьно-ориентированным. Полученное дерево было построено с помощью программы ednaml пакета PHYLIP, которая использует попарное выравнивание листьев дерева.

— по методу Parsimony с помощью программы ednapars :

+--------mut_f +--5 ! ! +-----mut_e ! +--4 +--2 ! +--mut_d ! ! +--3 ! ! +--mut_c --1 ! ! +-----------mut_b ! +--------------mut_a

Скобочная формула: (((mut_f,(mut_e,(mut_d,mut_c))),mut_b),mut_a); Дерево, построенное по методу максимальной экономии, является неукорененным. Построено с помощью программы ednapars пакета PHYLIP, которая использует попарное выравнивание листьев для своей работы. Метод является символьно-ориентированным. Отличительной чертой метода является то, что он не выдает длины ветвей. Поэтому, в отличие от всех предыдущих, на картинке слева изображена филограмма.

Cравнение топологии исходного филогенетического дерева модели и 4-х вариантов его реконструкции:

Данная таблица наглядно демонстрирует, что все внутренние ветви исходного филогенетического дерева присутствуют во всех четырёх вариантах его реконструкции. Следовательно, реконструкция хода эволюции при такого уровня расстояниях между последовательностями является достаточно надежной. Доказательством этого является полное совпадение внутренних ветвей во всех пяти деревьях. Наиболее эффективным оказался метод UPGMA, так как с помощью него удалось получить из неультраметрического исходного дерева ультраметрическое укорененное дерево, идентичное данному исходному.