На главную страницу четвертого семестра

Поиск заданного метаболического пути. Сравнение ферментов разного типа, катализирущих
одну и ту же реакцию.


Если задать только название метаболического пути, то KEGG выдаст список различных вариантов осуществленияданного пути в отдельных организмах. Если еще к запросу добавить слово "reference", то появится список трёх видов карт — Reference pathway, Reference pathway(KO), Reference pathway(Reaction), в котором все возможные варианты протекания это пути в отдельных организмах объединены в одну общую схему. При добавлении слова "map" KEGG выдает обощенный вариант заданного пути (Reference pathway).

Название метаболического пути: Glycolysis / Gluconeogenesis [Гликолиз]

Была получена следущая карта гликолиза, из которой я после рассматривала выделенный фрагмент, для сравнения двух ферментов с разным кодом, но катализирующих одну реакцию:


КодEC 1.2.4.1EC 4.1.1.1
Класс Оксидоредуктазы,
действующие на альдегидную или оксогруппу доноров, и содержащие акцепторную дисульфидную связь.
Лиазы,
углерод-углеродные лиазы,
карбоксилиазы.
НазваниеПируват дегидрогеназаПируват декарбоксилаза
Субстратпируват2-оксокислота
Продукт S-ацетилдигидролиполизин, СО2, ацетилтрансфераза дигидролипополилизиновых остатков. Альдегид, СО2.
Химическая реакцияpyruvate + [dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase] lipoyllysine = [dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase] S-acetyldihydrolipoyllysine + CO2A 2-oxo acid = an aldehyde + CO2
Участие в метаболических путях Гликолиз,
биосинтез валина, лейцина и изолейцина,
метаболизм пирувата,
метаболизм бутаноата.
Гликолиз
Локализация Хлоропласты,
мембрана,
мембрана митохондрий,
митохондрии.

цитозоль,
цитоплазма,
Организмы
Ноmo sapiens,
Bos Taurus,
Eschrerichia coli.

Saccharomyces carlsbergensis
Sarcina ventriculi
Saccharomyces cerevisiae
Kluyveromyces lactis

Вывод: два фермента, принадлежащих к разным классам и различающихся по своей структуре и механизму катализируемой реакции, независимо от этого способны катализировать одну реакцию. При этом присуствие обоих ферментов на фрагменте карты означает, что в одних организмах выбранная реакция катализируется одним из ферментов, а в других - вторым ферментом.


© Андреева Мария аka mashik, 2006