Биологический смысл выравнивания последовательностей белков.

1. Я построила выравнивание двух данных мне фрагментов последовательностей (278-330:A и 250-289:F) программой полного выравнивания needle. Результат можно просмотреть в файле Lelekova_auto.msf
2. Построение биологически обоснованного выравнивания данных мне фрагментов, включая разметку. Обоснованием этого выравнивания служило совмещение полипептидных цепей. Я визуализировала совмещение двух указанных фрагментов совмещенных структур с помощью скрипта ini.spt.

Совмещение полипептидных цепей белка. Фиолетовым цветом показана цепь А, а зеленым цветом цепь F. Шариками изображены Cа-атомы двух фрагметов, сближенные менее чем на 2 ангстрема.

1). Суммарная длина биологически обоснованных участков выравнивания равна 30, что составляет 47.6% процентов от общего числа позиций выравнивания.
2). Число и процент совпадающих остатков составляют соответственно 7; 11.1%.
3). Число и процент функционально сходных остатков составляют соответственно 17; 27%.
Сравнивания биологически обоснованное выравнивание и выравнивание, сделанное с помощью программы needle, я увидела сильные расхождения; можно даже сказать, что ничего похожего между ними нет. Стоит только посмотреть на Identity: 5/81 ( 6.2%) в выравнивании с помощью needle! Получается, что программы полного парного выравнивания не могут создать биологически обоснованного выравнивания. Эти программы выравнивают, ориентируясь только на аминокислотную последовательность.

<<Обратно на второй семестр
<<Обратно на главную страницу