Множественное выравнивание

Выбранные гомологичные последовательности
Выравнивание с помощью программы emma
Выравнивание с помощью программы muscle
Множественное выравнивание,полученное при помощи программы emma
Колонки консервативные на 100% (выделены красным цветом): 77.
Колонки консервативные на 70% (выделены синим цветом): 73.
Есть несколько выраженных консервативных фрагментов (рядов последовательных консервативных колонок).
Вот самый большой из них фрагмент
Матрица попарного совпадения последовательностей, полученная на основе множественного выравнивания с помощью программы emma
Сравнение выравниваний,полученных программами muscle и emma с помощью программы GeneDoc.
У нас складывается противоречивая ситуация. Исходя из выравнивания с помощью программы emma выходит, что последовательности можно выравнять, но в одной из последовательностей находится много "мусора". если посмотреть выравнивание с помощью программы muscle, то можно увидеть, что произошла большая вставка. больше доверия к выравниванию emma, но если посмотреть с другой стороны, то muscle выгодала,т.к. в случае этого выравнивания появляется больше консервативных колонок.
Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей K6PF_BUCCC и K6PF_STRPN.
Сначала все выравнивания схожи, но потом мы можем заметить сдвиг, который приводит к существенным различиям. Выравнивание с помощью программы needle содержит 192 консервативные колонки, с помощью программы emma - 74 , muscle - 77. Это происходит из-за того, что программа needle имеет только один способ решения задачи, а попарное выравнивание, порожденное множественным выравниванием, зависит от других последовательностей. Из этого следует, что для выравнивания двух последовательностей лучше использовать алгоритм попарного, а не множественного выравнивания.

<<Обратно на второй семестр
<<Обратно на главную страницу