Занятие 11

Пространственное выравнивание и совмещение.

1. Совмещение доменов цепей А записей 1HY0 и 1I0A в PyMOL.

Сначала необходимо было получить записи 1HY0 и 1I0A из банка PDB и сохранить их в файлах: 1HY0.pdb и 1I0A.pdb.

Затем на сервисе pDomains определила доменную структуру цепей А полученных записей.

Как записано в CATH, цепь А записи 1HY0 состоит из 3 доменов:

Method	Domain Id	Fragment
CATH	1HY0A1	      27-123 , 195-234
         1HY0A2        124-194 , 235-364 , 437-463
         1HY0A3	      365-436

Цепь А записи 1I0A состоит из 3 доменов:

Method	Domain Id	Fragment
CATH	1I0AA1	       27-123 , 195-234
         1I0AA2	       124-194 , 235-364 , 437-463
         1I0AA3	       365-436

Следующим шагом было совмещение в PyMOL командой align доменов цепей А из записей 1HY0 и 1I0A.

Совмещение первых доменов (rmsd = 0.338):

Совмещение вторых доменов (rmsd = 0.367):

Совмещение третьих доменов (rmsd = 0.440):

На рисунках зеленым окрашен остов цепи записи 1I0A, голубым - остов цепи записи 1HY0.

Показатели rmsd указывают на хорошее совмещение доменов. Пространственные структуры последовательностей очень хорошо совпадают при наложении, хотя между ними есть небольшие отличия.

2. Построение структурного выравнивания цепей А записей 1HY0 и 1W0T.

Построенное программой PDBeFOLD структурное выравнивание цепи А из записи 1AKH и цепи А из записи 1W0T: fasta.seq.

По полученному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core нашла геометрическое ядро с порогом 2 Å.

На выходе получила список остатков и позиций выравнивания, образующих геометрическое ядро:

Pos. 1AKH_A 1W0T_A

11 ALA83 LYS389

12 PHE84 ASN390

13 LEU85 LEU391

15 GLU87 SER393

28 LYS100 TRP403

29 GLU101 SER404

30 GLU102 LYS405

31 VAL103 ILE406

41 THR110 THR416

42 PRO111 SER417

43 LEU112 VAL418

44 GLN113 MET419

45 VAL114 LEU420

46 ARG115 LYS421

47 VAL116 ASP422

48 TRP117 ARG423

49 PHE118 TRP424

50 ILE119 ARG425

51 ASN120 THR426

52 LYS121 MET427

53 ARG122 LYS428

54 MET123 LYS429

55 ARG124 LEU430

Затем я совместила в PyMOL командой pair-fit структуры по Cα-атомам, входящим в геометрическое ядро.

pair_fit obj1 and resi 110-124 and name ca, obj2 and resi 416-430 and name ca

Изображение совмещенных структур:

Зеленым на рисунке изображен остов цепи А записи 1AKH, синим - остов цепи А записи 1W0T.

RMSD совмещения (по Сα-атомам, входящим в геометрическое ядро) = 0.406.

Значение rmsd хорошее. Значит прошло успешное выравнивание и совмещение структур.

Далее я сравнила это совмещение с результатами команды align на полных цепях.

Изображение совмещенных структур:

Получившееся выравнивание очень плохое.

RMSD совмещения = 3.231.

Программа align совместила цепи лишь по участку одной альфа-спирали.

<<Обратно на четвертый семестр
<<Обратно на главную страницу