Занятие 1

Электронная плотность.

  1. Работа с записью 2B5A банка PDB.

    2. В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации.

    Изображение, на котором видны обе конформации глутамина 21 цепи С и поверхности уровней 1 (желтая) и 0.5 (белая) электронной плотности в окрестности этого остатка:

    Можно заметить, что электронная плотность между атомами CG и CD остатка глутамина 21 цепи C в конформации B меньше уровня 0.5.

    Далее я получила аналогичное изображение для глутамина 21 цепи B и поверхности уровней 1 (желтая) и 0.5 (белая) электронной плотности в окрестности этого остатка:

    Здесь тоже наблюдается понижение электронной плотности между атомами CG и CD.

  2. Работа с записью 1PFK банка PDB.

    3. Рассмотрим аргинин 21 цепи А из записи 1PFK.

    Для того, чтобы получить электронную плотность для 1PFK зайдем на сайт EDS и найдем информацию о нужной записи PDB. На странице с этой информацией в разделе Download выберем "Maps" и карту в формате по умолчанию (O и 2mFo-DFc). Скачанный файл необходимо разархивировать с помощью Far manager. Полученная плотность.

    Изображение аргинина 21 цепи А записи 1PFK.

    Уровень 0.5 окрашен в желтый цвет, уровень 1 - в белый.


     


    <<Обратно на пятый семестр
    <<Обратно на главную страницу

    ©Лелекова Мария,2010