Занятие 7

Задание 1.

Технические характеристики моей записи PDB 1PFK.pdb

Разрешение 2.40 Å
Число рефлексов данные отсутствуют
Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) данные отсутствуют
R-фактор данные отсутствуют
R-фактор 0.165
Свободный R-фактор данные отсутствуют
Количество рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора данные отсутствуют
Процент рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора данные отсутствуют
Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...) P 21 21 2
Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки) 112.300, 85.400, 77.100
Ортогональны ли базисные периоды? Да
Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)? Да
Совпадает ли биологическая единица с асимметрической единицей, записанной в файле? Если нет, то в чём разница? Не совпадает. Ассиметрическая единица содержит две биологические единицы в разных конформациях.
Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? Если да, то приведите пример Да, есть. Таких 8 атомов:
HETATM 4869 P1 FBP A 323 4.829 22.260 7.771 0.50 45.71 P
HETATM 4870 O1P FBP A 323 5.506 20.968 8.020 0.50 45.58 O
HETATM 4871 O2P FBP A 323 5.833 23.338 7.691 0.50 45.40 O
HETATM 4872 O3P FBP A 323 3.844 22.578 8.843 0.50 45.72 O
HETATM 4945 P1 FBP B 323 21.088 -7.660 -13.440 0.50 51.79 P
HETATM 4946 O1P FBP B 323 20.116 -6.571 -13.613 0.50 48.43 O
HETATM 4947 O2P FBP B 323 22.410 -7.159 -12.984 0.50 51.37 O
HETATM 4948 O3P FBP B 323 21.281 -8.289 -14.793 0.50 51.57 O
(FBP - BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE)

Задание 2.

Необходимо вычислить относительные координаты одного из Сα-атомов моего белка.

Матрица и вектор преобразования:

 
SCALE1      0.008905  0.000000  0.000000        0.00000                         
SCALE2      0.000000  0.011710  0.000000        0.00000                         
SCALE3      0.000000  0.000000  0.012970        0.00000

Я взяла первый атом:

 
ATOM      2  CA  MET A   0      27.731  15.334  31.887  1.00 80.28           C

Относительные координаты cчитаются умножением матрицы на координаты атома с последующим прибавлением вектора.

Вычисление:

x = (27.731*0.008905 + 15.334*0 + 31.887*0) + 0= 0,246944555

y = (27.731*0 + 15.334*0.011710 + 31.887*0) + 0 = 0,17956114

z = (27.731*0 + 15.334*0 + 31.887*0.012970) + 0 = 0,41357439

Выбранный атом имеет следующие относительные координаты: ( 0,246944555; 0,17956114; 0,41357439).

Задание 3.

С сервера PDBe был получен файл с биологической единицей записи 1QP0.

Также был получен файл, содержащий асимметрическую единицу записи 1QP0.

В Pymol были получены следующие изображения:

Асимметрическая единица

Биологическая единица

В структуре асимметрической единицы видна только одна из цепей ДНК и одна из цепей белка. Поэтому, анализируя структуру асимметрической единицы, неовозможно получить инфмормацию о том, как взаимодействуют между собой две белковые цепи и как белок связывается с ДНК.