Занятие 1

Введение в PyMOL.

  1. Работа с записью 1KMY банка PDB.

    2. C помощью команды get_pdb 1KMY на kodomo-count я скачала PDB-файл записи 1KMY.
    Затем по полю HETNAM определила, что в структуре присутствует ион двухвалентного железа: 

    HETNAM     FE2 FE (II) ION                                                      
HETNAM     BPY BIPHENYL-2,3-DIOL                                                
HETNAM     TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL                                           
HETSYN     TBU 2-METHYL-2-PROPANOL                                              
FORMUL   2  FE2    FE 2+                                                        
FORMUL   3  BPY    C12 H10 O2                                                   
FORMUL   4  TBU    C4 H10 O                                                     
FORMUL   5  HOH   *115(H2 O)
    Далее в PyMOL была выполнена следующая команда

    cd H:\Term5\Practice1

    для того, чтобы сделать активной мою рабочую директорию. Также была выполнена команда для того, чобы загрузить файл в PyMOL:

    load 1kmy.pdb

    Затем мне необходимо было получить изображение окрестности иона, включая изображение остатков и лигандов, связанных с ионом координационными связями. Я использовала команду

    show sticks, byres symbol FE around 3.5

    которая позволила показать только остатки, связанные с ионом координационными связями: His 210, His 146, Glu 260 и Bpy 300 (Бифенил-2,3-диол).


  2. Задание 2.

    3. В записи 1DLP изучите остатки 136 цепи A и 167 цепи С.

    Я просмотрела запись 1DLP банка PDB: описывается структура предшественника лектина SCAFET, которая была получена при разрешении 3.3 ангстрем в 1999 году. Затем изучила необходимые остатки:

    Asn136

    Arg167

    В этих остатках есть лишние ковалентные связи с кислородом и азотом. В остатке аргинина и в остатке аспарагина образован цикл атомами С, С-альфа и азота. У аспарагина также есть два цикла в боковой цепи: между атомами СG, CB и ND2 и между атомами CB, CG и OD1.
    Проверила поле REMARK записи PDB: там сказано, что данные о положении и свойствах атомов CG, OD1 и ND2 в аспарагине и атомов CB, CG, CD, NE, CZ, NH1 и NH2 в аргинине могут быть ненадежными.

    В записи 1GT0 изучите участок цепи C с 75 по 100 остатки.

    Описываемая структура тройного комплекса POU/HMG/DNA была получена при разрешении 2.6 ангстрем в 2002 году. Нам надо изучить участок цепи C с 75 по 100 о6статки. Но в графическом окне получили изображение только 75-77 и 97-100 участков. Данные об остатках в промежутке 78-96 в файле PDB отсутствуют, и, соответственно, я не увидела их изображение. Такое могло произойти в следствии того, что, в ходе выполнения рентгеноструктурного анализа, данный участок в кристалле плохо закристаллизовался.

  3. Создание скрипта для PyMOL.

    4. Я создала скрипт, который воспроизводит команды для работы с остатками 136 и 167 из записи 1DLP.pdb: 
     
  
     
load 1dlp.pdb

    hide all

    select duo, (resi 136 and chain a) or (resi 167 and chain c)

    show sticks, duo
 
  
     

                                   




     

    

                                                                        
 

    <<Обратно на пятый семестр     

                                                                       
<<Обратно на главную страницу 


    
©Лелекова Мария,2010