Занятие 3

  1. Укоренение в среднюю точку

    2. Я укоренила дерево, построенное при выполнении задания 7 предыдущего занятия методом neighbor-joining, в среднюю точку.

    Дерево, построенное методом максимальной бережливости, укоренить нельзя, так как метод не предполагает существования молекулярных часов и не выдает длин ветвей.

    Дерево, построенное методом UPGMA, не имеет смысл укоренять, так как метод UPGMA выдает уже укорененное дерево.

    Я воспользовалась программой retree пакета PHYLIP. Для этого:

    • Скопировала файл retree.exe с диска P в свою рабочую директорию.
    • Скопировала файл со скобочной формулой, выданный программой neighbor, в файл с именем intree
    • Запустила retree.
    Вставьте в отчёт изображение укоренённого дерева и опишите его (в какую ветвь произошло укоренение, каковы отличия от правильного дерева, может быть ещё какие-то наблюдения).

  2. Использование аутгруппы

    3. Мне необходимо было реконструировать программой fprotpars укоренённое дерево отобранных мной бактерий, используя то же семейство белков, что и в предыдущем задании, а в качестве аутгруппы — белок того же семейства из сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU).

    Сначала я добавила к файлу с невыровненными последовательностями белков протеобактерий последовательность белка из сенной палочки, используя команду: 

    seqret sw:RS7_bacsu stdout >> all.fasta

    Затем построила выравнивание всех последовательностей, отредактировав перед этим имена (оставив только мнемонику видов) и результат подала на вход программе fprotpars.

    Выдача программы: 

    
                    +--NEIMA 
        +-----------7  
        !           +--BURCA 
        !  
     +--6           +--VIBFM 
     !  !     +-----5  
     !  !     !     +--VIBCH 
     !  +-----4  
  +--2        !     +--SALTY 
  !  !        +-----3  
  !  !              +--PROMH 
  1  !  
  !  +-----------------RBRAJA 
  !  
  +--------------------BACSU

    Скобочная форма: 
    ((((NEIMA,BURCA),((VIBFM,VIBCH),(SALTY,PROMH))),BRAJA),BACSU);
    Полученное дерево лучше обработать программой retree, указав в качестве действия "select an Outgroup", а в качестве номера — тот, что программа retree присвоит листу BACSU (смотрите внимательно на монитор!).

    Вставьте в отчёт изображение (можно вместе с листом BACSU; но можно, прежде чем получать изображение дерева, отредактировать скобочную формулу вручную, убрав аутгруппу). Опишите результат (по образцу предыдущего пункта).

  3. Бутстрэп

    4. Мной был проведен бутстрэп-анализ филогении, при этом я использовала программу fprotpars. Этапы работы:
    • Создала 100 бутстрэп-реплик выравнивания белков протеобактерий программой fseqboot.

      Выдача программы: файл с бутстрэп-репликами

    • Создала по полученным репликам деревья программой fprotpars (для этого просто подала выходной файл программы fseqboot на вход программе fprotpars).

      Выдача программы: изображения и скобочные формулы.

    • Создала из полученных деревьев единое дерево по принципу "расширенного большинства" (extended majority rule tree). Для этого файл с деревьями, выданный программой fprotpars, подала на вход программе fconsense.

      Выдача программы: 

                                    +------VIBFM
                       +-78.0-|
                       |      +------VIBCH
                +100.0-|
                |      |      +------PROMH
         +-97.5-|      +100.0-|
         |      |             +------SALTY
  +------|      |
  |      |      +--------------------BRAJA
  |      |
  |      +---------------------------BURCA
  |
  +----------------------------------NEIMA

     


    <<Обратно на четвертый семестр
    <<Обратно на главную страницу

    ©Лелекова Мария,2009