Практикум 5

Ферментативная активность

EC белка 5ЕТК: 2.7.6.3

5ЕТК – это теридиндифосфокиназа – фермент, участвующий в путях биосинтеза фолиевой кислоты и метаноптерина. Катализирует реакцию:

hydroxymethyl-dihydropterin + ATP <=> dihydropterin-methyl diphosphate + AMP + H(+)

Об аминокислотном составе каталитического центра на странице белка в PDB никакой информации я не обнаружила. Видимо, фермент недостаточно изучен на данный момент, поэтому и в аннотации нет строки, иллюстрирующей взаимодействие молекул с активным центром.

Sequence Annotation
Рис. 1 Аннотация последовательности фермента 5ETK

С молекулой ингибитора взаимодействуют следующие аминокислоты: TRP-89, LEU-45, ASN-55, PRO-43, THR-42, TYR-53. Между радикалами треонина и аспарагина образуется водородная связь.

Interaction with a molecule
Рис. 2 Взаимодействие ингибитора 5RU с аминокислотными остатками белка 5ЕТК

В связи с тем, что о каталитическом центре фермента мне почти ничего не известно, судить о механизме работы ингибитора достаточно трудно. Скорее всего, он частично или полностью перекрывает доступ к активному центру или же образует связи с остатками, входящими в состав активного центра, лишая другие молекулы возможности провзаимодействовать с каталитическим центром.

Environment
Рис. 3 Окружение (до 5 ангстрем) сайта связывания ингибитора 5RU с ферментом